龟鳖目表皮分化复合体基因的比较基因组学鉴定与分析.pdfVIP

第49卷第5期水生生物学报Vol.49,No.5

2025年5月ACTAHYDROBIOLOGICASINICAMay,2025

doi:10.7541/2025.2024.0450CSTR:32229.14.SSSWXB.2024.0450

龟鳖目表皮分化复合体基因的比较基因组学鉴定与分析

1,21,21,21,21,21,2

陈孟饶李芳陈其然黄保友孙伟钱国英

1,21,2

葛楚天王宗吉

(1.浙江万里学院动物性别与发育重点研究所,宁波315100;2.浙江万里学院生物与环境学院,宁波315100)

摘要:发掘龟鳖表皮分化复合体(EpidermalDifferentiationComplex,EDC)基因的序列特征和进化有助于解析

其甲壳表皮特征的遗传基础和演化历史。文章对28个龟鳖的EDC基因进行了比较基因组学鉴定,染色体定

位、氨基酸含量、结构域、蛋白空间结构分析和演化历史的重塑。研究结果表明龟鳖EDC基因具有和其他

爬行动物相同的四类基因家族,其中简单表皮复合体(Simpleepidermaldifferentiationcomplex,SEDC)基因家

族成员通过多次串联重复事件,实现基因扩张。龟鳖SEDC蛋白氨基酸组成高度多样化,SEDC和S100融合蛋

白(S100-fusedtypeproteins,SFTP)蛋白氨基酸含量存在类群(硬壳、软壳、棱皮)特异性,这支持了龟鳖甲壳表

皮结构的多样性。龟鳖S100钙结合蛋白A(S100calciumbindingproteinA,S100A)和SFTP功能域和蛋白空间

结构高度保守,仅肽聚糖识别蛋白(Peptidolycanrecognitionprotein3,PGLYRP3)的motif3存在鳖科特异性丢

失。龟鳖特有的含有脯氨酸、半胱氨酸和缬氨酸的表皮分化蛋白(EpidermalDifferentiationproteinrichin

Proline,CysteineandValine,EDPCV)来源于富含脯氨酸的表皮分化蛋白(Epidermaldifferentiationproteinrich

inproline1,EDP1),富含半胱氨酸和缬氨酸,通过串联复制实现基因扩张。研究为进一步研究EDPCV在龟鳖

中的作用提供了数据基础和理论依据。

关键词:表皮分化复合体;氨基酸组成;基因扩张;EDPC