基于单细胞拟时序分析的颈动脉粥样硬化关键基因的挖掘及验证.pdfVIP

ＪｏｕｒｎａｌｏｆＺｈｅｎｇｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ(ＭｅｄｉｃａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ)Ｊｕｌ.２０２５Ｖｏｌ.６０Ｎｏ.４４９３

ｄｏｉ:１０.１３７０５/ｊ.ｉｓｓｎ.１６７１￣６８２５.２０２４.１１.０２０

基于单细胞拟时序分析的颈动脉粥样硬化关键基因的挖掘及

验证

董文杰ꎬ李晓辉ꎬ李兴渊ꎬ王建茹

河南中医药大学第一附属医院心脏中心ꎻ中西医防治重大疾病河南省协同创新中心郑州４５００００

关键词颈动脉粥样硬化ꎻ单细胞ＲＮＡ测序ꎻ拟时序分析ꎻ生物信息学ꎻ关键基因

中图分类号Ｒ５４３.５

摘要目的:利用单细胞ＲＮＡ(ｓｃＲＮＡ)测序数据及生物信息学分析阐释颈动脉粥样硬化(ＣＡＳ)的细胞分化轨

迹ꎬ挖掘可能影响细胞分化的关键基因ꎮ方法:利用Ｍｏｎｏｃｌｅ包对ＧＳＥ１５９６７７数据集中ＣＡＳ样本进行伪时序分析ꎻ

利用ＦｉｎｄＡｌｌＭａｒｋｅｒ函数一方面筛选分支间差异表达基因(ＤＥＧ)ꎬ另一方面筛选ｓｃＲＮＡ￣ＣＡＳ组与ｓｃＲＮＡ￣正常对照

组的ＤＥＧꎬ取交集获取共同ＤＥＧꎬ利用蛋白互作分析挖掘关键基因并鉴定ꎮ利用ＧＳＥ４３２９２数据集和动物实验验证

关键基因的差异表达情况ꎮ结果:ＣＡＳ病变处组织干细胞、平滑肌细胞、Ｔ细胞、单核细胞、内皮细胞、巨噬细胞间存

在分化ꎮ尿激酶型纤溶酶原激活物受体(ＰＬＡＵＲ)、白细胞分化抗原８３(ＣＤ８３)、组织蛋白酶Ｌ(ＣＴＳＬ)、Ⅵ型胶原α２

(ＣＯＬ６Ａ２)、纤维蛋白５(ＦＢＬＮ５)、胰岛素样生长因子结合蛋白５(ＩＧＦＢＰ５)、白细胞分化抗原３４(ＣＤ３４)、早期生长

反应因子１(ＥＧＲ１)被鉴定为关键基因ꎮ外部数据集和动物实验结果显示ＰＬＡＵＲ、ＣＤ８３、ＣＴＳＬ、ＣＯＬ６Ａ２、ＦＢＬＮ５和

ＩＧＦＢＰ５的差异表达情况与ｓｃＲＮＡ测序数据所分析的结果一致ꎮ结论:在ＣＡＳ病理过程中组织干细胞、平滑肌细

胞、Ｔ细胞、单核细胞、内皮细胞、巨噬细胞间存在分化情况ꎬＰＬＡＵＲ、ＣＤ８３、ＣＴＳＬ、ＦＢＬＮ５、ＩＧＦＢＰ５和ＣＯＬ６Ａ２可能是

驱动细胞分化的关键基因ꎮ

Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎａｎｄｖａｌｉｄａｔｉｏｎｏｆｈｕｂｇｅｎｅｓｉｎｃａｒｏｔｉｄａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓｂａｓｅｄ

ｏｎｓｉｎｇｌｅ￣ｃｅｌｌｐｓｅｕｄｏｔｉｍｅａｎａｌｙｓｉｓ

ＤＯＮＧＷｅｎｊｉｅꎬＬＩＸｉａｏｈｕｉꎬＬＩＸｉｎｇｙｕａｎꎬＷＡＮＧＪｉａｎｒｕ

ＨｅａｒｔＣｅｎｔｅｒꎬｔｈｅＦｉｒｓｔＡｆｆｉｌｉａｔｅｄＨｏｓｐｉｔａｌꎬＨｅｎａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＣｈｉｎｅｓｅＭｅｄｉｃｉｎｅꎻＣｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅＩｎｎｏｖａｔｉｏｎ

ＣｅｎｔｅｒｏｆＰｒｅｖｅｎｔｉｏｎａｎｄＴｒｅａｔｍｅｎｔｏｆＭａｊｏｒＤｉｓｅａｓｅｓｂｙＣｈｉｎｅｓｅａｎｄＷｅｓｔｅｒｎＭｅｄｉｃｉｎｅꎬＨｅｎａｎＰｒｏｖｉｎｃｅꎬ

Ｚｈｅｎｇｚｈｏｕ４５００００

Ｋｅｙｗｏｒｄｓｃａｒｏｔｉｄａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓꎻｓｉｎｇｌｅ￣ｃｅｌｌＲＮＡｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇꎻｐｓｅｕｄｏｔｉｍｅａｎａｌｙｓｉｓꎻｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓꎻｈｕｂｇｅｎｅ

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ｏｃｌｅｐａｃｋａｇｅ.ＴｈｅＦｉｎｄＡｌｌＭａｒｋｅｒｆｕｎｃｔｉｏｎｗａｓｕｔｉｌｉｚｅｄｔｏｉｄｅｎｔｉｆｙｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙｅｘｐｒｅｓｓｅｄｇｅｎｅｓ(ＤＥＧ)ｂ