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生物信息分析师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
以下哪个数据库是NCBI(美国国家生物技术信息中心)维护的核心核酸序列数据库?
A.GenBank
B.Ensembl
C.UniProt
D.PDB
答案:A
解析:GenBank是NCBI维护的公开核酸序列数据库;Ensembl由欧洲生物信息研究所(EBI)维护;UniProt是蛋白质数据库;PDB是蛋白质三维结构数据库。
常用于短读长(ShortReads)与参考基因组比对的工具是?
A.SOAPdenovo
B.BWA
C.BLAST
D.Salmon
答案:B
解析:BWA(Burrows-WheelerAligner)专为短读长比对设计;SOAPdenovo是基因组组装工具;BLAST用于序列相似性搜索;Salmon是转录本定量工具。
FASTQ格式文件中,每行的质量值(QualityScore)通常对应的是?
A.测序错误概率的对数值(PHRED分数)
B.序列GC含量
C.引物结合效率
D.比对到参考基因组的位置
答案:A
解析:FASTQ格式中,质量值行(第四行)通过ASCII字符表示PHRED分数(Q=-10log??P,P为测序错误概率);其他选项均非质量值的定义。
GWAS(全基因组关联分析)的主要目的是?
A.鉴定与表型相关的遗传变异
B.组装未知物种的基因组
C.预测蛋白质三维结构
D.分析单细胞测序的细胞异质性
答案:A
解析:GWAS通过全基因组水平的SNP标记与表型关联分析,筛选致病或相关遗传变异;其他选项分别对应基因组组装、结构预测、单细胞分析。
以下哪种数据格式常用于存储基因表达矩阵?
A.BAM
B.GTF
C.CSV/TSV
D.VCF
答案:C
解析:CSV(逗号分隔)或TSV(制表符分隔)是表达矩阵(行:基因,列:样本,值:表达量)的常用存储格式;BAM是比对结果压缩格式,GTF是基因注释格式,VCF是变异位点格式。
微生物16SrRNA测序中,V3-V4区域被广泛选择的主要原因是?
A.长度最短,便于测序
B.进化保守性高,适合种水平鉴定
C.变异程度适中,区分不同菌属效果好
D.引物设计最简单
答案:C
解析:16SrRNA的V3-V4区域变异程度适中(保守区与高变区结合),既能区分不同菌属,又能保证测序覆盖度;V3-V4并非最短(如V1-V2更短),也非种水平鉴定的最佳区域(种水平需更高变区)。
主成分分析(PCA)在生物信息学中最常用于?
A.差异基因筛选
B.数据降维与样本聚类
C.序列从头组装
D.蛋白质功能注释
答案:B
解析:PCA通过线性变换将高维数据(如基因表达矩阵)映射到低维空间,用于观察样本间的整体差异(如批次效应、分组聚类);差异基因筛选常用t检验或DESeq2,组装用SOAPdenovo,注释用BLAST或数据库比对。
以下哪种工具用于单细胞测序数据的聚类分群?
A.CellRanger
B.Seurat
C.HISAT2
D.GATK
答案:B
解析:Seurat是单细胞数据分析的主流R包,支持聚类、分群、差异分析;CellRanger是10xGenomics的原始数据处理工具(比对、计数);HISAT2是转录组比对工具;GATK是变异检测工具。
在ChIP-seq数据分析中,“峰调用(PeakCalling)”的主要目的是?
A.鉴定转录因子或组蛋白修饰的结合位点
B.计算基因表达量
C.组装染色质三维结构
D.分析拷贝数变异
答案:A
解析:ChIP-seq通过免疫共沉淀富集目标蛋白结合的DNA片段,峰调用(如使用MACS2)可识别结合位点(峰区域);表达量计算是RNA-seq的任务,三维结构分析需Hi-C数据,拷贝数变异用WGS数据。
以下哪个指标用于评估基因组组装的连续性?
A.N50
B.GC含量
C.测序深度
D.变异密度
答案:A
解析:N50是组装连续性的核心指标(所有contig按长度排序后,累加长度达到总长度50%时对应的contig长度);GC含量反映碱基组成,测序深度是覆盖度,变异密度是SNP分布。
二、多项选择题(共10题,每题2分,共20分)(每题至少2个正确选项)
以下属于二代测序(NGS)技术特点的是?
A.读长较短(50-300bp)
B.单碱基成本低
C.无需PCR扩增
D.支持实时测序
答案:AB
解析:二代测序(如Illumina)通过桥式扩增(PCR)生成簇(Cluster),读长50-300bp,单碱基成本低;无需PCR的是三代测序(PacBio、OxfordNanopore),实时测序是三代的特点(如Nanopore)。
基因组注
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