南瓜果胶含量的全基因组关联分析与候选基因预测.pdfVIP

浙江农业学报ActaAgriculturaeZhejiangensis，2025,37(6)：1244-1251http://

陶鹏，丁小雅，岳智臣，等．南瓜果胶含量的全基因组关联分析与候选基因预测［J]

1244-1251.

D0I:10.3969/j.issn.1004-1524.

南瓜果胶含量的全基因组关联分析与候选基因预测

陶鹏，丁小雅2，岳智臣，赵彦婷，雷娟利，胡齐赞，臧运祥²，李必元

（1.浙江省农业科学院蔬菜研究所，浙江杭州310021；2.浙江农林大学园艺科学学院，浙江杭州311300）

摘要：为探究南瓜果胶含量的遗传调控机制，挖掘关键基因，为南瓜口感品质的遗传改良提供理论依据，该

研究采用硫酸-咔唑比色法测定208份南瓜种质资源果肉的果胶含量,利用果胶含量数据与重测序获得的单

核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism，SNP）进行全基因组关联分析（genome-wideassociationstudy，

GWAS）,对显著关联区间进行候选基因筛选与功能注释。结果显示，南瓜果胶含量呈正态分布，在南瓜2、4、

12、20号染色体上共获得了21个与南瓜果胶含量显著关联的SNP位点，其中有13个位于2号染色体

8330664~8436445区间。筛选获得40个候选基因，其中3个基因（基因号为CmoCh02C014160、Cmo-

Ch02G014170、CmoCh02G014260）涉及糖代谢通路。这3个候选基因在南瓜种质资源中存在着大量的SNP和

InDel变异,并且在南瓜果实中均有表达,可能参与南瓜果实中果胶的合成。该研究结果可以为优化南瓜果

胶含量，改良南瓜品质提供新的标记与候选基因。

关键词：南瓜；果胶;全基因组关联分析；基因；糖代谢

中图分类号：S642.1文献标志码：A

Genome-wideassociationstudyandcandidategenepredictionofpectincontentofpumpkin

(Cucurbitamoschata)

TAOPeng,DINGXiaoya2,YUEZhichen,ZHAOYanting,LEIJuanli,HUQizan,ZANGYunxiang”,

LIBiyuan

(1.InstituteofVegetables,ZhejiangAcademyofAgriculturalSciences,Hangzhou310021,China;2.CollegeofHor-

ticultureScience,ZhejiangAFUniversity,Hangzhou311300,China)

Abstract:Toinvestigatethegeneticregulatorymechanismsofpectincontentinpumpkinandidentifykeygenes,and

provideatheoreticalbasisforthegeneticimprovementofpumpkinfruittexturequality,pectincontentof208pump-

kingermplasmresourceswasdeterminedusingsulfuricacid-carbazolemethod,agenome-wideassociationstudy

(GWAS)wasconductedbyintegratingthepectincontentdatawithsinglenucleotidepolymorphisms(SNP)obtained

fromwhole-genomeresequencing,candidategenescreeningandfunctionalannotationwereperformedint