2019年~2023年我国PRRSV ORF5基因遗传变异和密码子使用偏好性分析.pdfVIP

第47卷第3期中国预防兽医学报Vol.47No.3

2025年3月ChineseJournalofPreventiveVeterinaryMedicineMar.2025

doi：10.3969/j.issn.1008-0589.202408018

2019年~2023年我国PRRSVORF5基因遗传变异和

密码子使用偏好性分析

1,2,3†1,2,3†1,2,31,2,31,2,31,211,2*1,2*

翁成桢，李鸿喜，黄欣欣，章蓓雯，唐歆，曹翀，唐静晖，李晓冰，陈洪博

（1.龙岩学院生命科学学院，福建龙岩364000；2.福建省预防兽医学与兽医生物技术重点实验室，福建龙岩364000；

3.福建农林大学动物科学学院，福建福州350002）

摘要：为了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的流行情况、遗传演化特征和密码子使用偏好性等，本研

究从GenBank中下载2019年~2023年我国1194条PRRSVORF5基因，采用MEGA6.0中的NJ法对上述ORF5基因和国

内外26条PRRSV参考株ORF5基因构建进化树鉴定PRRSV的基因型。通过MEGA6.0中K2P模型计算相同及不同基因

型PRRSVORF5（后仅称为ORF5基因）基因核苷酸和氨基酸序列的遗传距离。采用DnaSPv5软件分析不同基因型ORF5

基因的平均差异位点数、核苷酸多态性、交换频率和基因间遗传变异等分析ORF5基因的迁移。采用RDP4和SimPlot

分析不同基因型ORF5基因的重组事件。采用CodonW分析不同基因型ORF5基因编码区的碱基组成，评估该基因编码

区密码子使用的偏好性及影响因素。基因型鉴定结果显示，2019年~2023年我国谱系L1PRRSV占比最高为70.4%，谱

系L5最少为3.3%，基因I型中的1亚型为2.3%。遗传距离计算结果显示，我国流行的基因II型谱系L1、L3内ORF5基

因核苷酸和氨基酸序列的遗传距离均大于其他谱系与基因I型，且不同基因型ORF5基因核苷酸和氨基酸序列的遗传距

离均大于相同基因型。迁移分析结果显示，不同基因型间ORF5基因的遗传分化程度大，但交换及传递频率较低，其

中谱系L1、L3ORF5基因比其他谱系的遗传多样性更广泛，更易发生变异。重组分析结果显示，共检测到7个发生重

组的ORF5基因，且均为谱系L1、L3和L8之间的重组。密码子使用偏好性结果显示，同义密码子第3位碱基A3s含量

在不同基因型ORF5基因间均最低，C3s含量在不同基因型ORF5基因间均最高。谱系L5和L8ORF5基因的GC含量均

高于50%，谱系L1、L3和1亚型ORF5基因的GC含量均低于50%，相对同义密码子使用度RSCU分析结果显示，不同

基因型ORF5基因高表达密码子第3位以G/C为主，低表达密码子第3位以A/U为主；密码子偏好性的影响因素分析结

果显示，不同基因型ORF5基因编码区的有效密码子数ENC在58~61（ENC40），且均在ENC曲线上。上述结果表明，

表明不同基因型ORF5基因间同义密码子第3位碱基偏好于C，很少偏好于A，且ORF5基因密码子偏好于GC，其密码

子偏好性仅受突变压力影响，且使用偏好性较低。本研究为我国的PRRSV的流行病学调查和PRRS的防控提供参考

依据。

关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒；ORF5；基因重组；遗传多样性；密码子

中图分类号：S852.65文献标识码：A文章编号：1008-0589（2025）03-0221-10

Geneticvariationandcodonbiasanalysisof

PRRSVORF5geneinChinafrom2019to2023

*Correspondingauthor;†Equalcontributors

收稿日期：2024-08-24

基金项目：国家自然科学基金；福建省自然科学基金（2022