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分子植物育种，2025年，第23卷，第10期，第3431-3438页
MolecularPlantBreeding,2025,Vol.23,No.10,3431-3438
研究报告
ResearchReport
知母全基因Survey分析
郑鲲鹏陈畅杨晓利林敏杨成余坤龚玲
湖北中医药大学药学院,武汉,430065
通信作者,gl1224@163.com
摘要知母(AnemarrhenaasphodeloidesBunge)是一味有着悠久应用历史的中药，知母皂苷BII为其主要
活性成分，已作为治疗老年痴呆症的药物进入二期临床试验。由于知母全基因尚未被解析，阻碍了其生物合
成途径及关键基因的挖掘。因此，为揭示知母基因组信息，分析知母基因组大小和特征，本研究利用高通量测
序技术对知母基因组进行Survey分析，基于K-mer分析方法得到知母基因组大小、重复序列、杂合率和GC
含量等信息。研究结果表明：(1)知母基因组大小约为2514.77Mb，测序深度为163；(2)基因组杂合度为
伊
1.44%，重复度为52.44%，GC含量为42.17%；(3)该基因组为高杂合高重复基因组，可用于三代基因组测序和
组装。该研究结果对揭示知母药用活性成分的合成途径具有重要意义，同时为后续全基因组精细图谱的构建
以及分子育种提供科学依据。
关键词知母;基因Survey测序;K-mer分析
Genome-wideSurveyAnalysisofAnemarrhenaasphodeloidesBunge
ZhengKunpengChenChangYangXiaoliLinMinYangChengYuKunGongLing
CollegeofPharmacy,HubeiUniversityofChineseMedicine,Wuhan,430065
*Correspondingauthor,gl1224@163.com
DOI:10.13271/j.mpb.023.003431
AbstractAnemarrhenaasphodeloidesBungeisatraditionalChinesemedicinewithalonghistoryofapplication.
TimosaponinB-IIasthemainactiveingredient,hasenteredphaseIIclinicaltrialsasadrugforthetreatmentof
Alzheimersdisease.ThewholegenomeoftheAnemarrhenaasphodeloidesBungehasnotbeenanalyzed,which
hinderstheminingofbiosyntheticpathwayandthekeygenes.Therefore,inordertorevealthegenomeinforma-
tionofAnemarrhenaasphodeloidesBungeandanalyzeitsgenomesizeandcharacteristics,inthisstudy,
high-throughputsequencingtechnologywasusedtoconductSurveyanalysisonthegenomeofAnemarrhenaas原
phodeloidesBunge,andK-meranalysiswasusedtoobtaintheinformationofgenomesize,repetitivesequence,
heterozygosityrateandGCcontentofAnemarrhenaasphodeloidesBunge.Theresultsshowedthat:(1)thegenome
sizeofBungewasabout2514.77Mbandthesequencingdepthwas163;(2)thehe-
Anemarrhenaasphodeloides伊
terozygosityrateofthegenomewas1.44%,theduplicationratiowas52.44%,andthe
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专注于经营管理类文案的拟写、润色等，本人已有10余年相关工作经验，具有扎实的文案功底，尤善于各种框架类PPT文案，并收集有数百万份各层级、各领域规范类文件。欢迎大家咨询！
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