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《基因组学考试重点宝典》：助力基因组学考试

这份**《基因组学考试重点宝典》**是根据大学本科及研究生《基因组学》课程的通用教学大纲整理的核心知识点。内容涵盖了从基础理论到前沿技术的全流程，适合考前突击背诵和梳理脉络。

第一部分：基础理论与核心概念

1.基因组学的定义与范畴

定义：研究生物体所有基因及其结构、功能、进化和相互作用的学科。

三大领域：

结构基因组学：基因作图、测序、基因定位（静态）。

功能基因组学：基因表达、功能鉴定、蛋白质组学（动态）。

比较基因组学：不同物种间的基因组比较，揭示进化关系。

2.关键名词辨析

C值与C值悖论(C-valueParadox)：

C值：单倍体基因组的DNA总量。

悖论：生物的复杂性与C值大小不成比例（如某些两栖动物C值大于人类）。

N值悖论(N-valueParadox)：基因数目（N值）与生物复杂性也不成严格比例（如水稻基因数多于人类）。

重复序列：

高度重复序列：卫星DNA（着丝粒）、小卫星（VNTR）、微卫星（STR/SSR）。

中度重复序列：散在重复序列（SINEs如Alu序列，LINEs）。

假基因(Pseudogene)：与正常基因序列相似但无功能的DNA片段（通常因突变导致提前终止）。

第二部分：基因组作图与测序(结构基因组学)

1.遗传图谱(GeneticMap)

依据：重组率（连锁分析）。

单位：cM（厘摩），1cM≈1%重组率≈1Mb（人类）。

标记：RFLP（限制性片段长度多态性）、STR（微卫星）、SNP（单核苷酸多态性）。

2.物理图谱(PhysicalMap)

依据：DNA序列的实际物理距离。

方法：

限制性酶切图谱。

荧光原位杂交(FISH)：将探针定位到染色体上。

STS作图(SequenceTaggedSite)：利用单拷贝序列作为标记。

3.测序策略

鸟枪法(ShotgunStrategy)：

全基因组鸟枪法：直接将基因组打碎测序（速度快，适合小基因组或已有框架的大基因组）。

克隆重叠群法(CloneContig)：先构建BAC文库作图，再测序（准确，适合复杂大基因组）。

4.新一代测序(NGS)技术

核心特点：高通量、低成本、短读长。

主流平台：Illumina(Solexa)、Roche(454,已淘汰)、IonTorrent。

第三代测序(TGS)：

特点：单分子测序、超长读长、无需PCR扩增（避免GC偏好性）。

代表：PacBio(SMRT)、OxfordNanopore(Nanopore)。

第三部分：序列组装与注释

1.序列组装(Assembly)

Contig(重叠群)：通过序列重叠拼接成的连续DNA片段。

Scaffold(支架)：利用Paired-end（双末端）测序信息，将Contig连接成更长的片段（中间可能有Gap）。

Gap填补：利用PCR或TGS技术填补物理缺口。

2.基因预测与注释(Annotation)

Abinitio预测：基于统计学模型（如ORF长度、剪接位点信号）。

同源序列比对：与已知cDNA或蛋白质比对。

主要内容：外显子/内含子结构、启动子、增强子、重复序列屏蔽。

第四部分：功能基因组学

1.转录组学(Transcriptomics)

概念：研究特定细胞/组织在特定状态下所有转录本的集合。

技术：

Microarray(基因芯片)：基于杂交，已知序列。

RNA-Seq：基于测序，通量高，可发现新转录本，分析可变剪接。

2.基因表达分析

差异表达分析：寻找在不同条件下表达量显著变化的基因。

共表达网络：分析基因间表达模式的相关性。

3.表观基因组学(Epigenomics)

DNA甲基化：主要是CpG岛的甲基化，通常抑制基因表达。

组蛋白修饰：乙酰化（激活）、甲基化（视位点而定）。

染色质构象捕获(3C/Hi-C)：研究染色体在细胞核内的空间折叠和远程相互作用。

4.基因功能验证技术

基因敲除(Knock-out)：CRISPR-Cas9（目前最主流，重点掌握原理）、ZFN、TALEN。

基因沉默(Knock-down)：RNAi（siRNA/shRNA）。

基因过表达：转基因技术。

第五部分：比较基因组学与进化

1.直系同源(Orthologs)vs.旁系同源(Paralogs)

直系同源：不同物种间，由共同祖先垂直传递下来的基因（功能通常相似，如人胰岛素vs.小鼠胰岛素）。

旁系同源：同一物种内，因基因复制产生的基因（功能可能分化，如血红蛋白家族）。

2.分子钟(MolecularClock)

利用DNA序列差异的积累速率来推断物种分化的时间。

3.基因组进化驱动力

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