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基于多组学解析黄瓜单性结实相关基因表达与主效QTL定位

一、引言

1.1研究背景

黄瓜（CucumissativusL.）作为全球十大蔬菜之一，在中国蔬菜产业中占据重要地位，是中国大部分地区调整产业结构、实现农民增收、促进农村经济发展的支柱产业。中国是全球黄瓜生产面积最大、产量最高的国家，2020年中国黄瓜生产面积达127万公顷，占全球的56.4%，产量达到7336万吨，占全球的81.2%。黄瓜不仅营养丰富、清脆可口，是人们餐桌上不可或缺的蔬菜，而且其种植收益较高，在蔬菜周年供应中发挥着关键作用。

单性结实是指植物在未经过授粉、受精的情况下，子房发育成果实的现象。对于黄瓜而言，单性结实是一项极为重要的农艺性状，与产量和品质密切相关。在设施栽培中，黄瓜常因低温、弱光、高湿等不良环境条件，导致授粉受精不良，从而影响坐果和产量。而具有单性结实能力的黄瓜品种，能够在这些不利条件下正常结瓜，保证产量稳定。同时，单性结实的黄瓜果实通常无籽，可食率更高，口感和外观品质也更优，更受消费者青睐。

对黄瓜单性结实相关基因表达分析及主效QTL的初步定位研究具有重要意义。通过深入研究黄瓜单性结实的分子机制，解析相关基因表达调控网络，定位主效QTL，可以为黄瓜分子标记辅助育种和基因编辑育种提供理论基础和技术支撑。利用这些研究成果，育种家能够更精准地选择和培育具有优良单性结实性状的黄瓜新品种，提高育种效率，缩短育种周期，推动黄瓜产业的可持续发展。此外，这对于揭示植物果实发育的分子调控机制也具有重要的科学价值，有助于丰富植物发育生物学的理论知识。

1.2研究目的与意义

本研究旨在解析黄瓜单性结实相关基因的表达模式，初步定位控制黄瓜单性结实的主效QTL，为深入揭示黄瓜单性结实的分子遗传机制奠定基础。通过对不同单性结实能力黄瓜材料的基因表达分析，筛选出与单性结实密切相关的差异表达基因，进一步了解这些基因在单性结实过程中的生物学功能和调控途径。利用遗传群体进行QTL定位分析，确定主效QTL的位置和效应，为后续基因克隆和功能验证提供目标区间。

本研究对于黄瓜育种和产业发展具有重要意义。从育种角度来看，明确黄瓜单性结实的遗传基础和关键基因，能够为分子标记辅助选择（MAS）育种提供可靠的分子标记，提高选择效率，加速优良单性结实黄瓜品种的选育进程。同时，为基因编辑技术在黄瓜育种中的应用提供理论依据，通过精准编辑单性结实相关基因，创制具有理想单性结实性状的新种质。从产业发展角度而言，培育具有优良单性结实性状的黄瓜品种，能够有效解决设施栽培中因环境因素导致的授粉受精不良问题，保障黄瓜的产量和品质，提高种植户的经济效益，促进黄瓜产业的健康、稳定发展。此外，本研究也有助于丰富植物生殖发育领域的理论知识，为其他作物单性结实研究提供参考和借鉴。

1.3国内外研究现状

国内外学者在黄瓜单性结实基因和QTL定位方面开展了大量研究，取得了一定进展。在基因研究方面，已发现一些与黄瓜单性结实相关的基因。如中国农业大学等单位合作鉴定了新的驯化基因NPF1，该基因可以直接激活下游生长素合成基因YUC4的表达，增加胚珠中生长素的积累，进而促进黄瓜子房单性结实。研究还发现NPF1蛋白能够直接结合果实苦味基因Bt已知的重要驯化位点，抑制Bt的表达，降低黄瓜果实的苦味，揭示了NPF1在协同调控黄瓜单性结实和果实苦味方面的重要作用。

在QTL定位方面，南京农业大学的研究团队利用全雌单性结实材料EC1和雌雄同株非单性结实材料8419构建F2群体，构建了含有7条染色体、116个SSR标记和9个Indel标记的连锁图谱，检测到7个与单性结实相关的QTL，分别位于1、2、3、5、7染色体上，其中Parth2-1被认为是控制单性结实的主效QTL位点，位于标记SSR00684-SSR22083之间。

然而，当前研究仍存在一些不足和待解决问题。一方面，虽然已鉴定出部分与黄瓜单性结实相关的基因和QTL，但对于其复杂的分子调控网络尚未完全解析，基因之间的相互作用以及环境因素对基因表达和单性结实性状的影响还需深入研究。另一方面，已定位的QTL区间往往较大，包含众多候选基因，需要进一步精细定位和克隆主效QTL，明确其功能和作用机制，以更好地应用于黄瓜育种实践。此外，不同研究结果之间存在一定差异，可能与实验材料、遗传背景、环境条件以及检测方法等因素有关，需要更多的研究进行验证和整合。

二、材料与方法

2.1实验材料

本研究选用具有不同单性结实性状的黄瓜自交系作为实验材料，包括强单性结实自交系A和弱单性结实自交系B。自交系A由天津市农业科学院黄瓜研究所经过多代自交选育获得，