梭子蟹科线粒体基因组特征与系统发育遗传分析.pdfVIP

渔业研究2025，47（4）：408−420

JournalofFisheriesResearchDOI:10.14012/j.jfr.2025014

张茜茜，朱志煌，王健鑫，等.梭子蟹科线粒体基因组特征与系统发育遗传分析[J].渔业研究，2025，47（4）：408−420.

ZhangXX，ZhuZH，WangJX，etal.MitochondrialgenomecharacteristicsandphylogeneticanalysisinPortunidae[J].JournalofFisheries

Research，2025，47（4）：408−420.

梭子蟹科线粒体基因组特征与

系统发育遗传分析

1,2,3,41,3,422*1,3,4*

张茜茜，朱志煌，王健鑫，石戈，林琪

（1.福建省水产研究所，福建厦门361013；

2.浙江海洋大学海洋科学与技术学院，浙江舟山316022；

3.福建省海洋生物增养殖与高值化利用重点实验室，福建厦门361013；

4.海洋生物种业技术国家地方联合工程研究中心，福建厦门361013）

摘要：【目的】线粒体基因在物种鉴定、起源和进化研究中展现出较高的效率和准确性，目

前已有23种梭子蟹完成了线粒体全基因组测序，但基于比较基因组学方法对梭子蟹科

（Portunidae）线粒体进行基因组特征及系统进化关系的研究仍较少。本研究旨在探究梭子

蟹科蟹类的线粒体基因组特征，筛选适用于梭子蟹科物种快速鉴定的分子标记，并阐明梭子

蟹科的系统发育关系。【方法】采用比较基因组学方法，对23种梭子蟹的线粒体全基因组

序列进行分析。通过差异位点分析筛选物种快速鉴定的分子标记，并基于13个蛋白质编码

基因（PCGs）的核苷酸序列，运用最大似然法（ML）和贝叶斯推断法（BI）构建系统发育

树，同时进行分歧时间估算。【结果】梭子蟹科线粒体基因组具有高度保守性，未发现基因

重排现象，且表现出显著的AT偏好性。选择压力分析显示，13个PCGs的Ka/Ks值均在0到1

之间，表明这些基因均受到纯化选择作用。差异位点分析显示，nad5、nad4和rrnL基因因

较长的序列长度和较高的变异位点比例，可作为梭子蟹科物种快速鉴定的理想分子标记。

系统发育分析表明，光背蟹属（Lissocarcinus）、狼牙蟹属（Lupocycloporus）、单梭蟹属

（Monomia）、梭子蟹属（Portunus）、青蟹属（Scylla）、蟳属（Charybdis）及美青蟹属

（Callinectes）7个属均为单系群，双额短桨蟹（Thalamitasima）未与短浆蟹属（Thalam-

ita）聚为一支，而是与蟳属（Charybdis）关系更密切，这一结果得到遗传距离分析的支

持。分歧时间估算结果显示，梭子蟹科的起源至少可追溯至三叠纪，其中光背蟹属是较为古

老的一支，现存梭子蟹大多分化自古近纪。【结论】23种梭子蟹线粒体基因组较保守，其

中nad5、nad4以及rrnL基因是梭子蟹科物种快速鉴定的理想分子标记。在系统发育树中，

短浆蟹属呈现出非单系群的分布特征。本研究结果为梭子蟹科物种的快速鉴定、遗传进化研

究及分歧时间推断提供了重要的理论依据和数据支持。

关键词：梭子蟹科；线粒体基因；系统发育；分歧时间

中图分类号：S917.4文献标识码：A文章编号：2096−9848（2025）04−0408−13