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山西农业科学2025，53（4）：91-99JournalofShanxiAgriculturalSciences

胡晓艳，孟文瑞，李昊炀，等.太行菊叶绿体基因组密码子使用偏性分析[J].山西农业科学，2025，53（4）：91-99.

HUXY，MENGWR，LIHY，etal.CodonusagebiasinOpisthopappustaihangensis（Y.Ling）C.Shihchloroplastgenome[J].Jour⁃

nalofShanxiAgriculturalSciences，2025，53（4）：91-99.

doidoi:10.26942/j.cnki.issn.1002-2481.2025.04.11

太行菊叶绿体基因组密码子使用偏性分析

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胡晓艳，孟文瑞，李昊炀，冯宇奇，杜淑辉

（1.山西农业大学食品科学与工程学院，山西晋中030801；2.山西农业大学林学院，山西晋中030801）

摘要：太行菊为我国特有物种，分布范围狭窄，具有重要的观赏和药用价值。为研究太行菊叶绿体基因组密码

子使用偏性，以太行菊叶绿体基因组53条长度大于300bp的蛋白编码序列为对象，采用CodonW等软件对太行

菊叶绿体基因组密码子使用偏性的关键因素和最优密码子进行分析。结果表明，太行菊叶绿体基因组密码子

3个位点的GC含量分布差异较大，GC（38.82%）GC（37.87%）GC（36.35%），且密码子均偏向使用A/T

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结尾。有效密码子数（ENC）平均值为50.95，表明太行菊叶绿体基因组密码子使用的随机性较高而偏性较弱。

相关性分析结果显示，ENC仅和GC有极显著相关性，表明GC对密码子使用偏性的影响较大，这与植物中非同

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义突变的发生概率普遍较低有关。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析结果表明，影响太行菊叶绿体基因组密

码子使用偏性的因素有自然选择和突变，但是自然选择发挥主要作用，这可能与太行菊经历的特定进化历史及

采取的环境适应策略有关。根据ENC值建立高低表达基因库，筛选出UUU、UUA、CUU、AUU等22个太行菊

叶绿体基因组最优密码子，且这些密码子全部以A或U结尾，这可能与特定基因的转录活性调控机制有关。

关键词：太行菊；自然选择；叶绿体基因组；密码子偏性；最优密码子

中图分类号S682.1＋1文献标识码A文章编号1002‒2481（2025）04‒0091‒09

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CodonUsageBiasinOpisthopappustaihangensis（Y.Ling）

C.ShihChloroplastGenome

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