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第45卷第3期渔业科学进展Vol.45,No.3

2024年6月PROGRESSINFISHERYSCIENCESJun.,2024

DOI:10.19663/j.issn2095-9869.20230109002/

王旭蕾,高进,齐鑫,王永波,陈傅晓,刘金叶,符书源.5种石斑鱼全基因组微卫星筛选与特征分析.渔业科学进展,2024,

45(3):149–158

WANGXL,GAOJ,QIX,WANGYB,CHENFX,LIUJY,FUSY.Screeningandcharacteristicsanalysisofmicrosatellitesinthe

wholegenomeoffivegroupers.ProgressinFisherySciences,2024,45(3):149–158

5种石斑鱼全基因组微卫星筛选与特征分析*

1,31,2,431,2

王旭蕾高进齐鑫王永波

1,211,2,4①

陈傅晓刘金叶符书源

(1.海南省海洋与渔业科学院海南海口571126；2.海南热带海洋学院崖州湾创新研究院

海南三亚572025；3.中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室山东青岛266003；

4.海南省热带海水养殖工程技术研究中心海南海口571126)

摘要为了解赤点石斑鱼(Epinephelusakaara)、斜带石斑鱼(E.coioides)、云纹石斑鱼(E.moara)、

棕点石斑鱼(E.fuscoguttatus)和鞍带石斑鱼(E.lanceolatus)全基因组中微卫星的分布特征，本研究使

用Micro-Satellite(MISA)软件对公共数据库中获取的5种石斑鱼全基因组序列进行微卫星筛选，分

析了微卫星重复类型、重复拷贝类别及核心拷贝数的分布特征。结果显示，在5种石斑鱼全基因组

中，均筛选出超过28万个微卫星位点，相对丰度介于271~296个/Mb之间，平均长度在22bp左

右，微卫星数量在全基因组中的占比为0.59%~0.67%，其重复类型数量、占比和相对丰度的分布趋

势一致，二碱基重复最多，其次为单碱基，且随着重复单元碱基数目的增加而减少。重复拷贝类别

A、AC、AAT、AAG、AGC、AATC、AAAT、AGAT、AATG、AGAGG、AAAAT、AAGAT、ACAGAG、

AAANNN和AANNNN(N为除A外其他3种碱基)为优势类别。不同重复类型微卫星的拷贝数变

化范围较大，但每种重复类型的拷贝数变化趋势一致，即随着拷贝数增加，微卫星数目随之递减，

拷贝数为6和12时微卫星数目出现峰值。其中，各个重复类型中均有拷贝数量尤为突出的位点：

鞍带石斑鱼中T、TA和AGACAG分别拷贝502、803和48次，云纹石斑鱼中GAG、CACT和CCACA

分别拷贝205、652和111次。5种石斑鱼全基因组微卫星分布特征基本一致，鞍带石斑鱼和云纹

石斑鱼中存在与其他3种石斑鱼显著差异的重复拷贝位点。本研究可为5种石斑鱼高质量微卫星分

子标记开发提供数据参考，并为其基因组进化、遗传变异、亲缘关系和新品种选育等方面的工作奠

定基础。

关键词石斑鱼；全基因组；微卫星；分布特征

中图分类号S917.4文献标识码A文章编号2095-9869(2024)03-0149