多倍体植物中单核苷酸多态性（SNPs）的开发.pdfVIP

浙江大学学报 (农业与生命科学版) 37(5)：485~492，2011 JournalofZhejiangUniversity(Agric． LifeSci．1 文章编号 ：1008—9209(2011)05—0485-08 DOI：10．3785／j．issn．1008—9209．2011．05．003 多倍体植物 中单核苷酸多态性 (SNPs)的开发 贺道华，邢宏宜，赵俊兴，赵艳宁，齐 程，王艳婷 (西北农林科技大学 农学院，陕西 杨凌 712100) 摘 要 ：单核苷酸多态性 (SNP)是指在基 因组水平上 由单核苷酸的变异所 引起 的一种 DNA序列多态 性 ．在人 、拟南芥、水稻等二倍体生物 中，已经开发出大量的SNP标记并被用于群体结构分析、关联作 图 等研究，而在棉花、油菜、小麦等 多倍体植物 中，SNP的开发与应用却进展迟缓 ．为促进多倍体植物 中 SNP的开发，本文对多倍体植物 中SNP标记开发所遇到的难题进行 了阐述 ，并对多倍体 中SNP标记开 发方法进行 了梳理，包括位点特异性 引物 的PCR片段直接测序 ，利用多倍体 的近缘二倍体 区分 SNPs 和部分 同源序列间的差异 (homoeologoussequencevariants，HSVs)，利用 2代测序技术 大规模发掘 SNPs，基于公共数据库的序列通过生物信息学分析获取候选 SNPs，通过遗传 (分离)模式的研究验证 SNPs等．利用上述方法可实现多倍体植物中SNP标记的大规模开发． 关 键 词 ：多倍体 ；单核苷酸多态性 ；标记开发；部分同源性 中图分类号：Q78 文献标志码 ：A HEDao-hua，XING Hong-yi，ZHAOJun-xing，ZHAOYan-ning，QICheng，WANG Yan-ting(College ofAgronomy，NorthwestA FUniversity，Yangling，Shaanxi712100，China) Singlenucleotidepolymorphism (SNP)dhcovery in polyploidplants．JournalofZhejiangUniversity (Agric LifeSci．)，2O11，37(5)：485-492 Abstract：Singlenucleotidepolymorphism (SNP)isakindofDNA polymorphism in genomewhich resultsfrom the variance ofsingle nucleotide． In diploid organisms (such ashuman，Arabidopsis thaliana，Oryzasativa，etc．)，manySNP markerswerediscoveredasgeneticmarkers．and had been widelyusedforpopulationparameterestimationandassociationmapping．However，SNP discoveryand application in the polyploid organisms (such as Gossypium hirsutum ，Brassica napus， Triticum aestivum ，etc．)werelimitedand lagged．InordertofacilitateSNP discoveryin polyploidplants，this paperreviewedthegenomiccomplexityofpolyploidy，theobstacleandthesolutionsofSNPsdiscoveryin polyploidplants，includingthesemethodsofsequencingofpolymerasechain reaction (PCR)amplicons from locus—specificprimer，distinguishingSNPsfrom homoeologouss