基于地理信息系统的中国人群HLA—A、B位点的空间遗传结构.pdfVIP

维普资讯 第 46卷 第5期 山 东 大 学 学 报 (医 学 版) 2008年 5月 V01．46 No．5 JOURNALOFSHANDONGUNIVERSITY(HEALTHSCIENCES) May2008 文章编号：1671—7554(2OO8)05—0452—05 基于地理信息系统的中国人群 HLA—A、 B位点的空间遗传结构 成玉 ，薛付忠 ，季晓康 ，胡平 ，邵琦 ，张桂琴 (山东大学公共卫生学院 1．流行病与卫生统计学研究所 ；2．信息数据处理实验室，济南 250012) 摘要：目的 分析 中国人群HLA-A、B位点HLA的空间遗传结构，为研究人 口迁移、民族融合等群体遗传学和人类 学问题、揭示HIlJA与疾病关联性以及合理设计多表位疫苗提供依据。方法 应用主成分分析方法及地理信息系 统中的空间插值技术，从基 因频率矩阵中提取综合指标，用以反映中国人群 HA『—A、B位点的空间遗传结构。结 果 中国人群HLA-A位点的第一主成分 自北向南形成了明显的遗传地理梯度变异。在黄河流域以南，第一主成 分梯度呈南北走向；在 西北地区，呈西北东南走向；在华北及东北地区，呈东北西南走向。HLA-B位点第一主成分 自北向南形成了明显的遗传地理梯度变异；HLA-B位点的空间遗传结构的异质性程度高，而 HLA-A位点空间遗传 结构的异质性程度相对较低。结论 中国群体 HIlJA—A、B位点的空间遗传结构呈现明显的南北地理遗传梯度变异 性；南方人群HIlJA—A、B位点空间遗传结构异质性程度高，群体之间差异较大；中国人群HLA-B位点空间异质性程 度高于HLA-A位点空间异质性程度。 关键词：中国人群；地理信息系统；人类白细胞抗原；空间遗传结构 中图分类号：Q347 文献标志码 ：A CharacteristicsofthespatialgeneticstructureoftheHLA --A--B lociin theChinesepopulationbasedonageographicalinformationsystem CHENGYu，XUEFu—zhong，JIXiao．kang~，HUPing~，SHAOQi，ZHANGGui．qin (1．InstituteofEpidemiologyandHealthStatistics；2．InformationnadDamAnalysisLab， SchoolofPublicHealht，ShnadongUniversity，Jinna250012，China) Abstra~：Objective ToanalyzethespatialgeneticsturctureofhteHIA -·A-BlociinhteChinesepopulationnadtoprovideevi-· denceforstudyingquestionsinpopulationgeneticsandnathropology，suchaspopulationmigration，nationalblending，nadtopro— videevidenceofrdesigning multi—epitopevaccines．Method Principlecomponentanalysisnadspatial interpolationmehtodof hte Geographical InformationSystem wereusedtogetsynhteticindexes．Results ThefirstprinciplecomponentoftheI-ILA—Alociin