基于功能域和分组重量编码为特征参数的蛋白酶预测.pdfVIP

内蒙古工业大学学报 JOURNAL OF INNER M0NG0LIA 第 30卷 第 2期 UNIVERSITY 0F TECHN0L0GY Vo1．3O No．2 2011 文章编号：1001—5167(2011)03—0081—05 基于功能域和分组重量编码为特征参数的蛋白酶预测* 樊玉才，胡秀珍 (内蒙古32业大学理学院 呼和浩特 ，010051) 摘要 ：基于功能域组分和分组重量编码特征提取预测参数 ，采用支持向量机的识 别算法 ，在 Jackknife检验下，蛋 白酶的预测结果为 89．9 ，蛋 白酶的 6个类别 的 总预测结果为 94．0 。预测结果表 明，该方法是预测蛋 白酶及其类别 的有效 工具 。 关键词：蛋白酶；功能域；分组重量编码；支持向量机 中图分类号：Q61 文献标识码 ：A 引 言 蛋白酶 (Protease)是生物体内的一类效素 ，它能够分解蛋 白质 ，又称作朊酶或蛋 白水解酶。蛋 白酶 通过控制蛋白质的激活、合成以及翻转，来调节大部分的生物进程 ，而且在生物组织的受精、出生、生长、 成熟、衰老以及死亡过程中也扮演了重要角色L1]。例如蛋白酶在身体消化过程 中起着分解食物 中的蛋 白质从而使人体获得所需氨基酸的重要作用[5]。再如脑卒 中时，金属蛋 白酶是引起微循环损伤 的主要 成分 ，其通过降解脑血管周围基底膜 的明胶原、层粘连蛋 白和纤粘连蛋 白致脑血管基底膜破坏 ，形成脑 水肿 以及继发性脑 出血L6J。此外 ，蛋 白酶在多种形式的治疗过程 中也常被使用r7]。随着新近发现 的蛋 白质序列的剧增 ，蛋白质的功能注释显得越来越重要 ，对蛋 白酶及其类 型的识别是蛋 白质功能注释 的重 要手段。由于通过实验方法识别蛋 白酶及其类型费时、费力 ，而且在技术上存在无法解决的困难 ，因此 在理论上预测蛋 白酶及其类型有着重要的意义。 蛋白酶及其类型的预测始于2006年 ，起初 Zhou和 CaiC8整理了 510条蛋 白酶序列 ，以基 因本体论 结合伪氨基酸组分 (GO—PseAAC)为预测参数，使用最邻近算法 (NN)对蛋 白酶进行了预测 ，Jackknife 检验下的预测成功率为 91．896／，而对蛋 白酶的 5个类别的总预测成功率为 85．4 。随着蛋 白质数据库 的扩大，Chou和 Cai¨9重新整理了蛋白酶数据库 ，包含 1238条蛋白酶序列，以功能域组分和伪氨基酸组 分 (FunD—PseAAC)为预测参数 ，使用 NN算法对蛋 白酶进行 了预测 ，蛋 白酶 的Jackknife检验下的预 测成功率为92．9 ，对蛋白酶的6个类别的预测成功率为 94．7 。2008年 ，Chou和Shen_|1]进一步扩大 了蛋 白酶数据库，将蛋 白酶序列增至 3051条 ，以功能域组分结合序列进化信息(FunD—PsePsSM)为预 测参数，采用 OET—KNN的算法对蛋 白酶进行了预测，Jackknife检验下蛋 白酶的预测成功率达到了 92．0 ，其 6个类别的预测成功率达到了95．7 。目前 Shen和 ChouI】对近几年蛋 白酶的预测情况进 行 了综述 ：一是用于蛋 白酶预测的数据库在不断增大 ；二是用于蛋 白酶预测 的参数选取信息越来越全 面，尤其是功能域组分 ；三是预测算法的改进，由NN算法到 OET—KNN 的算法 。 收稿 日期 ：2010～06—04 基金项 目：内蒙古 自然科学基金资助项 目(2009MS0111)，国家 自然科学基金项 目 作者简介 ：樊玉才 (1984一)，男 ，内蒙古工业大学理学院，硕士研究生 。 通讯作者 ：胡秀珍 ，电话 (0471)6576281，E—mail：hxz@imut．edu．cn 第 2期 樊玉才等 基于功能域和分组重量编码为特征参数 的蛋 白酶预测 117 本文采用了 2008年 Chou和 ShenC使用过的数据库对蛋白酶及其 6个类别进行了预测 ，以功能域 组分和分组重量编码的特征为预测参数 (FunD—EBGw)，使用支持向量机算法 (SVM)对