茶树CBF1基因密码子使用特性分析.pdfVIP

遗 HEREDITAS(Beijing)2012年12月，34(12)：1614—1623 ISSN0253—9772 WWW．chinagene．on 研究报告 DoI：10．3724／SP．J．1005．2012．01614 茶树 CBF1基因密码子使用特性分析 郭秀丽，王玉，杨路成，丁兆堂 青岛农业大学茶叶研究所，青岛 266109 摘要：转录因子cF(C．repeat．bindingfactor)广泛存在于各种植物中，是植物抗逆过程中一个重要的调节因子。 文章运用CHIPS、CUSP和CodonW 在线程序对茶树(Camelliasinensis)CBFl基因(CsCBF1)序列进行分析，并 与茶树基因、模式植物基因组和其他植物 CBF基因进行比较，对了解 CsCBF1基因密码子使用特性，并为其选 择合适的表达系统具有重要意义。结果表明：CsCBF1基因与 70个茶树基因对密码子的使用有明显的差异， CsCBF1基因偏好使用以G／C结尾的密码子，而筛选的70个茶树基因偏好使用 以A／T结尾的密码子。在密码 子使用频率上，CsCBF1基 因与拟南芥 rabidopsisthaliana)、烟草(Nicotianatobacum)的差异小于与小麦 (Triticumaestivum)、玉米(Zeamays)~差异；因此，拟南芥、烟草更适合作为CsCBF1基因的外源表达宿主。通 过分析4O种植物CBF基因编码特点可知大部分CBF基因偏好使用 以G／C结尾的密码子，这可能与基因的特殊 功能有关。 关键词： 茶树；CBF1基因；密码子偏好性 AnalysisofcodonusefeaturesofCBF geneinCamelliasinensis GUOXiu-Li，、7vANGY_u，YANG Lu-Cheng，DING Zhao—Tang TeaResearchInstitute，QingdaoAgriculturalUniversity，Qingdao266109，China Abstract： CBF(C-repeat-bindingfactor)transcriptionfactorexistswidelyinallkindsofplants．Itisna importantregu— lativefactorintheprocessofplantresistanceadversity．Inthispaper，CamelliasinensisCBF1genesequencewasnaalyzed byCodonW，CHIPS，andCUSPprogramsonline，andthencomparedwiht C sinensisgenes，genomesinotherspecies，nad CBF genesfrom 39plna tspecies．ItisimportanttoidentifyhtecodonusageofCsCBF1geneandselectappropriateexpres— sion systems．TheresultsshowedthatCsCBF1genenad selected70C sinensisgeneshad distinctusagedifferences． CsCBF1genewasbiastowardhtesynonymouscodonswithG andC atthehtirdcodonposition，but70C sinensisgenes werebiastowardthesny onymouscodonswihtA nadT．ThedifferencesincodonusagerfequencybetweenCsCBF1gene naddicot3ledonssuchasArabidopsisthalianaandNicotianatobacum werelessthanmonoco~rledonssuchaswheat (Triticumaestivum)nadcom (Zeamays)．Therefore，A．thalianaandⅣtobacumexpressionsystemsmaybemoresuitable fortheexpressionofCsCBF1gene．TheanalysisresultsofCBFgenesfrom40plnatspeciesalsoshowedthatmostofthe 收稿 日期：2012—07—02；修回日期：2012—07—25 基金