澳洲淡水鳄线粒体基因组全序列的测定及结构分析.pdfVIP

第 34卷4期 安 徽 师 范 大 学 学 报 (自然科学版) JournalofAnhuiNormalUniversity(NaturalScience) VD1．34No．4 2011年7月 July．2011 澳洲淡水鳄线粒体基因组全序列的测定及结构分析 胡月红， 张 曼， 王亦舒，晏 鹏，吴孝兵 (安徽师范大学 生命科学学院，安徽 芜湖 241000) 摘 要：运用PCR和分子克隆的技术，获得 了澳洲淡水鳄(Crocodylusjohnstoni)的线粒体基因组 全序列(mtDNA)．其序列全长为 16，857bp，由22个 tRNA、2个 rRNA和 l3个蛋 白编码基因及非 编码的控制区(controlregion)-~成，碱基组成为：31．99％A，28．82％C，14．90％G，24．29％T．同 其它鳄类一样，澳洲淡水鳄发生了基因重排，即tRNAPhe和 tRNAs~(AGY)的基因重排现象．虽然与典 型的脊椎动物线粒体基因排列顺序不同，但在已测出的所有鳄类中，各基 因的排序是一致的，显示 了鳄类 mtDNA的高度保 守性 ． 关键词 ：澳洲淡水鳄 (Crocodylusohnstoni)；线粒体全基 因组；基 因组结构 中图分类号：Q959．3 文献标识码 ：A 文章编号：1001—2443(2011)04—0353—06 线粒体基因组即线粒体自身携带的全部DNA分子，可独立进行转录、信息传递及翻译工作，并与核基 因编码的蛋 白共同作用，完成许多重要的生理功能．动物的mtDNA为双链闭合环状结构 ，基因排列紧密，方 便对多种动物进行广泛的比较．mtDNA因具有母性遗传、分子量小、序列变异相对于单拷贝核基因迅速等特 点，近年来作为分子标记在分类学、系统进化、群体遗传及动物保护生物学等研究领域得到广泛的应 用[卜71．自1981年Anderson等人[8j首次测定了人的mtDNA全序列，越来越多脊索动物的mtDNA被测定 出来 ． 世界现存鳄类共23种，传统分类中将鳄 目(Crocodylia)~lj分为3科8属：鼍科(Alligatiridae)(下分4属： 鼍属Alligator、凯门鳄属 Caiman、古鳄属Paleosuchus和黑鳄属Melanosuchus)、鳄科 (Crocodylidae)(下分3 属：鳄属 Crocodylus、骨喉鳄属 Osteolaemus和假食鱼鳄属Tomistoma)和食鱼鳄科(Gavialidae)(仅食鱼鳄属 Gavialis一个属)．但对于鳄类的系统发生 目前仍存在许多争议．近期许多分子数据支持将现存鳄类划分为 两个科 ：鼍科和鳄科，将食鱼鳄科并人了鳄科l9J．澳洲淡水鳄(Crocodylusjohnstoni)隶属于鳄科、鳄属，生活 于澳洲北部的淡水河流、湖泊、泻湖中，是吻部狭窄的中型鳄鱼．目前对于鳄类系统发生的分析，一般都集中 在探讨属间的系统关系[10 ．由于鳄属内鳄的mtDNA等分子数据不足，针对鳄属内种间关系的探讨并不 多[， ，本文测定了澳洲淡水鳄的线粒体基因组全序列，对其基因组结构进行了分析，并同其它鳄类的 mtDNA进行比较，为探讨鳄类的系统关系，尤其是鳄属内的系统发生补充分子数据． 1 材料与方法 1．1 澳洲淡水鳄总DNA的提取 取冻存于一80。C冰箱的澳洲淡水鳄血液样品50 l(样品由GeorgeAmato博士惠赠)根据Sambrook 等n]的方法，用 SDS／~白酶K裂解，酚氯仿提取总DNA，1．0％琼脂糖凝胶电泳检测．所得到的基因组 DNA保存于一20oC． 1．2 引物设计、PeR扩增与测序 根据实验室已有用于其它鳄类扩增的引物尝试扩增，找到8对可用于本实验扩增的引物(表 1)，再根据 Genbank已公布的鳄类线粒体基因组全序列，先用 ClustalX1．8[]进行比对后选取保守性较高的区域用 PremierPrimer5[16]设计引物，再利用Oligo6．0117]对引物进行评价分析，其余序列根据利用通用引物所测到 收稿 日期：2011—04—13 基金项 目：国家 自然科学基金资助 ． 作者简介：胡月红 (198