杂草稻nrDNA ITS片段的PCR扩增条件优化及测定.pdfVIP

n C T n naRIGULIURAE 华北农 学报 ·2O08，23(6)：168—170 B0REnLl—SIlCn 杂草稻 nrDNAITS片段的PCR扩增 条件优化及测定 刘志文 一，韩 旭。，周索童 ，王 丽 ，李宪臻 ，陈温福 (1沈_5H农业大学 水稻研究所，辽宁 沈阳 110161；2 大连 、I大学 生物与食鼎工程学院 ．辽宁 大连 116034) 摘要 ：对杂草稻的nrDNAITS片段的PCR扩增条件进行 了优化并测定，建立的PCR最优体系为 ：20 L反应体系含 l[1L模板 DNA，0．125u1moI／LdNTPs，0．5 mol／L正反向弓l物 ，1UTaq酶 ，2．0 10× PCRBuffer；退火温度为57℃。 这样 的条件下充分保证了 ITSPCR产物的质量和纯度要求 ，直接测序结果为600bp左右 ，与网上结果十分类似 ，表明 结果准确可靠。这些 ITs片段的系统学信息将为杂草稻 的起源进化提供有力的分子水平证据。 关键词 ：杂草稻 ；nrDNAITS；PCR扩增条件 ；测序 中图分类号 ：s511．01 文献标识码 ：A 文章编号 ：1000—7091(2008)06—0168—03 OptimizingofthePCR Amplification Conditionsand SequencingtheW eedyRicenrDNA ITS LIU Zhi—wen’，HAN Xu ，ZHOU Suo—tong ，WANG Li，LIXian—zhen ，CHEN Wen—fu (1．RiceInstituteofShenyangAgriculturalUniversity，Shenyang 110161，China； 2．CoilegeofBiologyandFoodTechnology，DalianPolytechnicUniversity，Dalian 116034，China) Abstract：ThePCR conditionsoftheweedylicenrI)NA ITSwereoptimizedinthisstudy，asaresult，thePCR reac— tionswerecarriedoutasfollows：eachreactionmixturecontained 1I*LgenomicDNA ，0．125mmol／IeachdNTPs，0．5 mmol／Lforwardandreverseprimer，2．0 I10×PCRreactionBuffer，andthefinalreactionwasadjustedto20t*Lwith sterilizedddH2O．Theannealingtemperaturewas57℃ ．ItcanassurethatPCRproductsqualityandpurityusingtheseop— timalconditions．ThelengthoftheITSfragmentswasabout600 bpusingthedirectsequencingmethodsandconsistent withthegenebankdata．ThephylogeneticinformationoftheweedyriceITSwouldconvenientlyprovidethedirectmolecu— larevidencetoclarifyitsoriginandevolution． Keywords：Weedyrice；nrDNA ITS；PCR amplificationconditions；Sequencing 在世界各国的水稻 ，特别是直播和旱稻种植区 到重视 ，然而 ，为了更好地了解、防治和利用它，有必 内广泛发生的杂草稻 ，由于其长期处于恶劣的野生 要弄清其产生的机理 ，明确起源进化。而传统的植 状态中，经过长期的 自然异交 ，并经受各种灾害、不 物系统学主要是建立在形态解剖学 、孢粉学 、细胞 良环境和人为选择，表现 出了对环境的高适应性和