FMDV OA／58病毒株VP3蛋白结构的模拟与分析.pdfVIP

n C T ● iIBRICULTURAE 华北农学报 ·2008，23(6)：28．31 BOREALI—SIHICli FMDVOA／58病毒株 VP3蛋 白结构 的模拟与分析 周建华，丛国正，高闪电，常惠芸 (中国农业科学院 兰州兽 医研究所 ，家畜疫病病原生物学国家重点实验室 ， 农业部畜禽病毒学重点开放实验室，国家 口蹄疫参考实验室 ，甘肃 兰州 730046) 摘要：以口蹄疫病毒株 0A／58RNA为模板，反转录并扩增 目的eDNA ，然后与pMD18一T载体连接并转化 JM109菌 株，提取 的重组质粒用凝胶 电泳 、PCR和 BarnHI、HindIII双酶切法鉴定。分析表 明，口蹄疫病毒 VPI、VP2、VP3和 VP4 在核苷酸水平上的变异率是无差异的(P0．05)；而它们在氨基酸水平上的变异率差异显著(P0．05)。该毒株与 20 株源于GenBank中的VP3氨基酸序列 比较发现其保守区主要位于第 1～24、26～35、37～43、45～57、61～122、124 173、 175～209、211～220位 。运用同源模建，0A／58VP3蛋 白三维空间结构可分为 A，B，c3个结构区域。保守区氨基酸残 基在维持 VP3蛋白的空间构象和功能方面具有重要作用。 关键词 ：口蹄疫病毒 ；VP3蛋 白；同源模建 中图分类号 ：Q945 文献标识码 ：A 文章编号 ：1000—7091(20o8)O6—0028—04 ConstructionandAnalysisofVP3Proteinfrom A Foot．．and．．mouth DiseaseVirusStrain OA ／58 ZHOUJian—hua，CONG Guo—zheng，GAOShan—dian，CHANG Hui-yun (ChineseAcademyofAgricultureScience，StateKeyLaboratoryofVeterinaryEtiologicalBilogy，KeyLaboratory ofAnimalVirologyofMinistryofA culture，NationalFMDReferenceLaboratory，I~nzhou 730046，China) Abstract：Foot—and—mouthdiseasevirusstrain0A／58RNAswereusedastemplatesforRT—PCR．TheamplifiedcD． NAproductswereclonedintopMD18-TvectorsandtransformedintoJM109．T}lerecombinantplasmidswereidentifiedby electrophoresis，PCR ，andanalysisoftow cleavageswith BarnH IandHindIII．Afteranalyzingthedifferenceamong VP1，VP2，VP3，VP4，atthenucleotidelevel，themutationratesofthese4encodingsequenceswerenodifference(P 0．05)，however，attheaminoacidlevel，thosemutationratesweredifferent(P0．05)．Theregionsof1—24th，26— 35th，37—43th，45—57th，61—122th，124—173th，175—209thand211—220thinVP3proteinmostprobablyare conservative．DependingonhomologymodelingtheFMDV strain0A／58VP3protein，the3D moldwasgained．Andthis 3DmoldwasdividedintoA，BandCregions．ThisresearchshouldbeusedasaninstructioninordertodirecttheWOrk onFMDV VP3protein． Keywords：Foot—and—mouthdisea