DNA工作站在HLA测序分型中的应用.pdfVIP

国际输m及血液学杂志 2009年第 32卷第 2期 · 111 · · 论 著 · DNA工作站在 HLA测序分型中的应用 王大明 邹红岩 程 良红 李桢 【摘要】 目的 建立从全血样本 中高通量提取基 因组 DNA 的方法 ，以应用于 HLA常规测序分型。 方法 采用 DNA工作站及 2m1深孔板 ，从 400份全血样本 中提取基 因组 DNA。用紫外分光光度仪测定 其浓度和 Az。／Azs。值 ，并采用琼脂糖 电泳检测 DNA 的完整性 。扩增产物经纯化后作为测序模板 ，产物经 酒精 ／EDTA／NaOAc法纯化 ，用 ABIPrism 3730测序仪 电泳检测 。相关的分析软件分析 HLA基 因型。 结果 使用 400 L全血中400份样本 的DNA产量平均为(3．2174-0．715) g，A26。／A28。值平均为 1．710± 0．103；琼脂糖电泳表明DNA的分子量均大于 15×10。；HLA—A、HLA—B和 HLA—DRB1座位序列碱基峰高 均在 2000以上 ，测序评分在 75分 以上 。48份 HLA-A、B和 DRB1基 因型已知的室 内质控样本 ，经本文的 方法提取 DNA并进行 HLA基 因分型 ，经盲检质控检测 ，所得到 的结果与 已知 的 HLA基因型相一致 。结 论 采用本方法所提取的DNA 能稳定 、可靠地应用于骨髓捐献者样本 的HLA—A、B和 DRB1座位测序分 型 ，具有快速 、高通量化的特点和广泛的应用前景 。 【关键词】 全血 ； 高通量 ； 基因组 DNA； 测序分型 DNA workstationanditsapplication in HLA sequence-basedtyping WANG Da—uring，Z0U Hong—yan， CHENGLiang—hong，LjZhen． ShenzhenInstituteofTransfusionMedicine，Shenzhenbloodcenter， Guangdong，Shenzhen518035，China Correspondingauthor：WANGDa—ming，Ernail：riverch888@yahoo．corn．cn [Abstract] 0bjective Todevelopandestablishanefficientmethodforhighthroughputautomatically extractinggenomicDNA from peripheralwholebloodsamplesandutilizethismethodforHLA sequencing basedtyping．M ethods GenomicDNA was extracted automatically from 400 uL blood samplesusing TECAN DNA workstationand96wellplatewith2mL volumeperwel1．TheyieldandpurityofeachDNA samplewastestedbyUV spectrophotometer，theintegralityoftheseDNA sampleswereanalyzedbythe agarosegele1ectrophoresis．ThepurifiedPCR productwasutilizedastheDNA templateinthesequencing reaction．Sequencingreaction productswerepurifiedbyEtOH／EDTA／NaAcmethodand thenwere electrophoresisbyABIPrism 37300DNA Sequencer．Results Themeanyieldandpurity (A26o／A28o)of genomieDNA extractedfrom 400 Lwholebloodsampleswere (3．217±0．715) gand (1．710±0．103)， respectively．ThemolecularweightofDNA wasallmorethan 15kb．Theapexheights