复杂疾病单倍型分型的研究.pdf

的危害更大，因此寻找复杂疾病的致病基因就成为科学研究亟待解决的问题之一。 神疾病，年龄相关性黄斑变性(AMD)是老年人致盲的主要原因之一，属于复杂 疾病。全基因组关联研究已经成为研究复杂疾病的利器。本研究从质量控制和结 果分析的角度，阐述了全基因组关联研究的方法，并用分子单倍型分型方法研究 了一对AMD易感基因之间的关系。本研究还从全基因组关联数据和已发表的文 献中确定了两个精神疾病的候选基因，CSF2RB和ErbB4，研究它们在中国汉族人 群中与这三种精神疾病的关联。 本研究在2号染色体首次发现了一个与AMD相关的区域。单倍型分型的研 国汉族人群中与SCZ和MDD有较弱的关联，而与BPAD没有显著关联。还发现 ErBb4基因在中国汉族人群中与这三种精神疾病都没有显著关联。 关键词：复杂疾病，单倍型，全基因组关联分析，候选基因研究，单核苷酸多态 性 致谢 感谢我的合作导师梁培基教授和樊春海研究员给我这次博士后 研究的机会。 感谢Bio—X研究院的贺林教授、冯国鄞老师和师咏勇研究员在研 究经费、实验条件上的大力支持。 师咏勇研究员对我的工作做出了很多关键性的指导，提出了很多 宝贵的建议。黄克同学在重复实验的设计上给予了我一些帮助。在 GWAS数据的分析方面，我从李志强同学身上学到了很多实用的技术 一 和观点。 Bio．X创新研究组的王倜、李涛、刘契、李俊燕、赵倩等同学在 DNA样品准备和TaqMan探针实验上付出了很多努力，季珏、崔梦杰、 郑林清、胡志伟、张海蓉等技术员的辛勤劳动促进了GWAS数据的大 量产出，在此一并感谢。 在我博士后工作期间，Bio．X中心的全体老师和同学都给予了我 热心的帮助。 仓促间难免有疏漏，谨在此向所有帮助过我的人致以衷心的感谢 和最美好的祝福! 陈鹏 2010年12月15日 正文目录 第1章引言………………………………………………………………………9 1．1 精神疾病………………………………………………………．9 1．1．1重度抑郁症……………………………………………………．9 1．1．2双相情感障碍…………………………………………………11 1．1．3精神分裂症……………………………………………………13 1．2 年龄相关性黄斑变性…………………………………………14 1．3 寻找复杂疾病的致病基因……………………………………16 1．3．1连锁分析………………………………………………………16 1．3．2关联研究………………………………………………………17 1．3．3全基因组关联研究……………………………………………18 1．3．4单倍型关联研究………………………………………………20 1．4 本章小结………………………………………………………21 第2章 复杂疾病的全基因组关联研究………………………………………．23 2．1 材料与方法……………………………………………………23 2．1．1样品信息………………………………………………………23 2．1．2SNP分型………………………………………………………………………．．24 2．1．3基因型的确定…………………………………………………24 2．1．4数据的质量控制………………………………………………26 Callrate QC………………………………………………………………………．．28 病例组和对照组的Callrate平衡……………………………．28 性别检查…………………………………………………………28