长苞铁杉nrDNA内转录间隔区及5．8S的二级结构分析研究.pdfVIP

维普资讯 第 16卷第3期 激 光 生 物 学 报 V01．16No．3 2007年 6月 ACTA LASER BIOLOGY SINICA Jun．2007 · 基础研究 · 长苞铁杉 nrDNA 内转录间隔区 及 5．8S的二级结构分析研究 阚显照 ，乔才元 ，高 卉 ，朱国萍 。 (1．中国科学院植物研究所系统与进化植物学国家重点实验室，北京 100093； 2．安徽师范大学生命科学学院生物大分子进化重点实验室，安徽 芜湖241000； 3．生物环境与生态安全安徽省高校重点实验室，安徽 芜湖241000)) 摘 要：核糖体RNA及相邻区域的二级结构研究，作为一个重要的工具，已在一些分类等级上被应用于系统 发育的分析。以长苞铁杉为实验材料 ，通过克隆、测序，利用最小自由能原理预测 nrDNA内转录间隔区及5．8S 转录本的二级结构 ，分析它们的结构特点，探讨假基 因化拷 贝与功能拷贝结构上的差异。分析结果表 明：(1) ITS1区的二级结构主要由几个延展的发夹结构组成，配对 的亚重复单位在松科植物特有的保守序列处有部分 重叠，未配对的亚重复单位通常能 自身折叠 ，保守序列的部分碱基出现在发夹结构的环中；(2)假基因化拷贝二 级结构的自由能比正常拷贝高；(3)与正常拷贝的二级结构相 比，假基 因化拷贝在进化速率很低的5．8S功能区 发生较大的变异，且在 5．8S末端没有和26S连接配对。 关键词 ：二级结构；长苞铁杉；核rRNA；内转录间隔区；5．8SrRNA；假基因 中图分类号：Q349．55；Q949．66 文献标识码 ：A 文章编号：1007．7146(2007)03-0327-07 SecondaryStructureAnalysison thenrDNA Internal TranscribedSpacersand5．8SinNothotsuga longibracteata KANXian-zhao’ ，QIAOCai-yuan，GAOHui，ZHUGuo-ping，。 (1．StateKeyLaboratoryofSystematicandEvolutionaryBotany，InstituteofBotany，Chinese AcademyofSciences，Beijing100093，China；2．KeyLaboratoryofBio-MacromolecularEvolution， CollegeOfLifeScience，AnhuiNormalUniversity，Wuhu241000，Anhui，China；3．KeyLaboratory ofBioticEnvironmentandEcologicalSafetyofAnhuiProvince，Wuhu241000，Anhui，China) Abstract：StudiesonthesecondarystructuresofrRNAsandadjacentregionshasbeenconsideredasanimportanttool forinferringphylogeneticrelationshipsatsometaxonomiclevels．Basedonmolecularclone，sequencingandsecondary structureanalysisonnrDNA ITSand5．8SregioninNothotsugalongibracteatabytheprincipleofminimizingfreeener- gY，sturcturalchraacteristicswerestudied．Moreover，