基于标签单核苷酸多态性单倍型和单倍域的构建及其在关联研究中的应用.pdfVIP

维普资讯 · 660 · 主 堕堂运 堂盘查 Q 生 筮丝鲞筮 期 ChinJMedGenet，December2O07，Vo1．24，No．6 · 综 述 · 基于标签单核苷酸多态性单倍型和单倍域的 构建及其在关联研究中的应用 顾明亮 褚嘉祜 摘【要】 人类基因组中单倍型(haplotype)和单倍域(haplotypeblock)的结构提供了人类进化的宝贵信 息，并成为发现人类复杂疾病易感基因的有效策略。一个单倍域可分割成多个具有有限单倍型多样性的 离散的区域，代表每个区域结构特征的少量标签单核苷酸多态性(tagsinglenucleotidepolymorphism，tSNP)可 使绝大部分单倍型相互区分开来。因此 ，标签SNP在单倍型和单倍域的构建和关联研究中具有重要地位。 构建单倍型和单倍域的方法分为两类 ，分别是基于大家系中基因分型数据和基于统计学的算法。通过系 统回顾几种单倍型和单倍域的构建方法，了解它们在不同的疾病模型或根据不同的分割标准，进行关联研 究的检验效能，客观评价每种方法的优、缺点、应用前景及其在关联研究中的应用。随着国际人类基因组 单倍型图的完成和单倍型构建统计学运算规则的完善，融合数学、物理学、计算机科学等学科 的单倍型构 建方法将对人类遗传学、复杂疾病易感基因的定位和克隆鉴定等生命科学的相关领域产生深远的影响。 【关键词】标签单核苷酸多态性；单倍型；单倍域；关联研究 Constructionofua01otn~ andua01ot~ blockbased no tagsinglenudeotidepolymorphismsandtheirappliea- flow inassociationstudies GUMi,-,g-u,~g，CHUJia-you． (DepartmentofMedicalGenetics，InstituteofMedical Biology，ChineseAcademyofMedicalSciencesandPekingUrdonMedicalCollege， 删 ，Yutma~650118P．R． China) Corresponding author：CHU~a-you，Email：c~iy@imbcoin$．con．ca A【bstract】Humangenomehasstructuresofhaolotypoandhaplotypeblockwhichprovidevaluableinformationon humanevolutionaryhistorynadmayleadtothedevelopmentofmoreefficientstrategiestoidentifygeneticvarinatsthatin— creasesusceptibilitytoComplexdiseases．Haplotypeblockcallbedividedintodiscreteblocksoflimitde haplotypediver— siyt．Ineachblock，asmallfractionof’’tagSNPs”Cna be usedtodistinguishalargefractionofhtehaplotypos．These tagSNPsCna be potentiallyusefulforconstructionofhaplotypenadhaplotypeblock，nadassociationstudiesincomplex diseases．Th erearetwogeneralclassesofmehtodstoconstructhaplotypenadhaplotypeblocks basedongenotypeson largepedigreesnadstatisticalalgorithmsrespectively．Theauhtorevaluateseveralconstructionmehtodstoasses,shtepow— erofdifferentassociationtestswihtavarieytofdiseasemodelsnadblock-partitioningcriteria．Th eadvnatages，limitations nadapplications