水稻南方黑条矮缩病毒湖南鼎城株系S10片段的基因组序列分析.pdfVIP

基因组学与应用生物学，2012年，第 31卷，第 2期，第 160—166页 GenomicsandAppliedBiology，2012，Vol-3l，No．2，160—166 研究报告 ResearchReport 水稻南方黑条矮缩病毒湖南鼎城株系$10片段的基因组序列分析 崔亚 2 朱俊子 周倩 0 蒋坚 高必达 ， 1湖南农业大学植物疾病控制与利用湖南省高校重点实验室，长沙，410128；2湖南农业大学生物信息系，长沙，410128 通讯作者，bdgao@yahoo．com．ca 摘 要 运用 RT．PCR技术克隆了水稻南方黑条矮缩病毒(southernriceblack．streakeddwarfvirus，SRBSDV) 湖南鼎城株系的基因组 S10片段(SRBSDV．HuNDCSIO)，并对其全序列进行了测定和生物信息学分析。结 果显示，SRBSDV—HuNDCS10片段全长为 l797bp(登录号：JQ337964)，含有 1个 ORF，编码 557个氨基 酸残基的衣壳蛋 白，推测分子量约 62．6kD，推测等 电点为 7．62，与己报道 的广东、海南和云南分离物病毒 的SIO作比较，它们的核苷酸相似性分别为 99．7％、99．0％和 98．4％，氨基酸相似性分别为 100．0％、99．5％ 和 99．3％。对 SRBSDV—HuNDC$10及部分Fijiviruses病毒对应片段在 5’URT与 3’URT存在的保守序列 和互补序列进行了归纳，对其 ORF编码的氨基酸序列进行了motif查找，得到该属(F0iirZ／Se1氨基酸序列 的 10个保守区段。此外，进行了糖基化位点、磷酸化位点及 B细胞抗原表位预测，发现了3个可能的N端 豆蔻酰基化位点，可能与病毒的侵染机制有关。 关键词 南方水稻黑条矮缩病毒，S10片段，基因组序列分析 SequenceAnalysisofGenomeSegmentS10ofHunanDingchengIsolateof SouthernRiceBlack—StreakedDwarfVirus CuiYa ZhuJunzi ZhouQian ·JiangJian GaoBida · 1HunanProvincialUniversityKeyLabforPlantDiseaseControlandUtilization，Changsha，410128；2HunanAgriculturalUniversity，Changsha， 410128 Correspondingauthor，bdgao@yahoo．CO1TI．cn DOI：10．3969／gab．031．000160 Abstract Thefull--lengthcDNAofthegenomesegmentS10ofDingchengisolateofSouthern RiceBlack-·S~eaked DwarfViruswasclonedandthecompletenucleotidesequencewasdetermined aswellasitsbioinformatics analysis．Resultsshowthatthe$10is1797bp(JQ337964)，hasanopenreadingframe(0RF)，encodesacapsid proteincontaining557aminoacidresidues．ItsmolecularweightiSabout62．6kD anditsisoelectricpointis7．62． Compared with otherknown virusessuch asGuangdong isolates，Hainan isolatesandYunnan isolates the nucleotideidentitiesofS10segmentare99．7％，99．0％and98．4％，respectively．andtheiraminoacididentitiesare l0O．0％．99．5％ and99．3％ respectively．Conservativesequenceandcomplementarysequenceinthe5’URTand 3’URTofSRBSDV—HuNDCS10andcorrespondingsemg entsoftheF~iivirusesviurseswereanalyzed．and10 conservativesegmentofFiiivirusesviurseswere~undedbysearchingthemotifofaminoac