应用EST分析和cDNA微阵杂交研究肝癌差异表达基因.pdfVIP

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2017-09-08 发布于安徽
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应用EST分析和cDNA微阵杂交研究肝癌差异表达基因.pdf

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应用EST分析和cDNA微阵杂交研究肝癌差异表达基因 ABSTRACT Livercancerhasseriouslythreatenedlifeandhealthofhumansforalong time.GeneschangealotduringprogressionofHepatocellularCarcinoma(HCC).Itis necessarytoinvestigategenealterationonthewholegenomesoastoknowmoreabout carcinogenesisofHCC.HavinggownupinHumanGenomeProjectandappliedin relevantresearchwork,ESTanalysisandcDNAmicroarraymakeitpossibleboasting HCC-relatedgenesselectedrfomgeneswhichincreaseordecreasetheirexpressionin HCC. TitreofHCCcDNAlibrariesis2X10乍fu/mlandthatofsurroundingnon-tumor tissuecDNAlibrariesis1.5X106pfu/m1.95%oftransformedrecombinantplasmids containinsertedDNArfagmentswhoseaveragelengthare1.5kb.Randomlychosen 34,875ESTsaresequenced,17,821ofwhicharerfomHCClibrariesandtheother17,054 arerfomnon-tumorlibraries.Bioinformaticsindicatesthat1,401ESTsarehomologues ofmitochondrionDNA,AluandLIsequencesthatneednottobeanalysed.64.60/oofthe analysedare21,625homologuesofknowngenes,21.7%ofwhichare7,253homologues ofknownESTsaswellastheremaining13.7%areclonesofnovalESTswhosetotal numberis4,596.11,065clustersareestablishedbysoftwareCAT3.5.Someofthemost highlyexpressedinnon-tumortissuesuchasgenesofserumalbumin,fibrinogenand alphal-antichymotrypsinplayimportantrolesinnormalliverwhiletheyandgenesof aldolaseandalcoholdehydrogenasedecreasetheexpressioninHCC.Normalliveris damagedintheprocessofcarcinogenesiswiththehighlyexpressedspecific alpha-fetoprotein.HCCdistinguishesrfomsurroundingnon-tumortissueinthat385ESTs rfomHCCelevatetheirexpressionand273ESTsgointheoppositecomparedwiththose rfomnon-tumorsothatexpressionmapsofthetwotissueshavealotofdifference. 871clonesarepickedupandundergoaproceduretomakecDNAmicroarraysin ordertotestifythedifferenceofexpressionshownbyESTanalysis.mRNArfomHCC andthesurroundingnon-tumortissuearetranscriptedintocDNAprobesandhybridized withcDNAmicroarrays.51genesandESTsincreasetheexpressionincludinggenesof ribosomalproteins,cellcycleregulatoryfa