中国主要鹅品种的线粒体DNA多态性与起源分化研究.pdfVIP

遗传 HEREDITAS(Beijing)20(6):17一181998 造血干／祖细胞大规模测序克隆的 一个ABC转运体蛋白基因 张庆华 茅 矛 何凯丽 傅 刚 黄秋花 陈 竺 丰（海第二医科大学附属瑞金医院 卫生部和上海市人类基因组研究重点实验室，上海 200025) ANovelHumanABCTransporterGeneClonedwith LargeScaleESTSequencing ZHANGQinghua MAOMao HEKailiFUGang HUANGQiuhua CHENZhu (KeyLaboratoryforHumanGenomeResearch,Ru对inHospital,ShanghaiSecondMedicalUniversity,Shanghai200025) ABC转运体家族是已知的最大基因家族之一 ”〔，在进化上具高度的保守性，其成员含有ATP结合小匣 A(TPbindingcassette,ABC).最近，我们在对具造血功能的CD34十造血干 ／祖细胞(HSPC）的基因表达谱的研 究中，通过大规模的cDNA测序，克隆到一个ABC家族的新成员hABC7,cDNA2384bp，编码752aa的蛋白 质，通过同源性比较与小鼠的mABC7为直向同源物，具N端的穿膜功能区和C端的ABC功能区。该基因被 RH法定位于Xg2l.3，电子Northern显示在多种组织有表达。 1方 法 与 结 果 收集脐带血，分离出单个核细胞，经MACS分离出CD34十细胞(2)，抽提总RNA，选择Caffinder系统 C(LONTech)，根据说明进行PCR扩增，构建富含全长cDNA的lambda-ZAP文库，经体内剪切为 pBluescript质粒后随机挑取细菌克隆，提取质粒，用通用引物进行测序反应，ABI377全自动测序，得到部分 cDNA表达顺序E（ST)。由此得到约 10000条EST顺序，经BLAST软件查询GenBank数据库截（止至 199，年 9月102.0版），将这些顺序分为已知和未知基因两大类。其中一个未知基因克隆与小鼠的mABC7有高度的相似 性 4〔)，将此克隆命名为hABC7，采用部分缺失及引物延伸等方法测序，hABC7全长2384bp,ORF为9- 2274，编码一个752aa的可能蛋白质。虽然在5上‘游没有同阅读框架的终止密码，但第一个ATG附近的碱基顺 序符合真核生物翻译起始点保守的Kozak顺序 5〔l，故第一个ATG可能即为翻译的起始点G（enBank登录号 AF03950)e 通过GCG (Wisconsin)软件包提供的有关软件对hABC7的蛋白进行分析显示，hABC7为ABC家族的一 个成员，蛋白的分子结构分为N端和C端两个区域，N端具6个疏水性的穿膜结构，C端具典型的保守性的 ABC结构。与小鼠的mABC7相比，hABC7的5端‘长 184bp,蛋白结构上N端长 123aa。在核昔酸水平， 2129bp范围内91.1%相同，而蛋白水平630aa范围内93.6%相同4〔)。 辐射杂种(R（adiationHybrid,RH）技术是一种新发展的用于基因染色体精确定位的方法 6〔， 我们选用 StandfordG3辐射杂种细胞系嵌盘R（esearchGenetics,Huntsville,Alabama)，根据hABC7的3’部分顺序 合成 PCR引物5（:TTGCTTGCTAACCCTCATAG,3:CAGTGCAAATATGTAGTCCA)，两次PCR扩增结果经 Stanford大学人类基因组中心S（HGC）的辐射杂交定位服务器r（hserver ）处理，得到与所定位 基 因 紧密 连 锁 的 LOD 值 大 于 6.0 (6.61）的顺 序 标 签 位 点 S（TS)(AFM303WD1)，结 合 SHGC （http：／／www．shgc，stanford．edu／Mappinrh／search．htmI）和 Genethon(http:/／www.cephbh.fr/quickmap.html）的RH图谱和遗传图谱，将hABC7基因定位于Xg21.3o 18 遗 传HEREDITAS(Beijing)1998 20卷 用hABC7的全长