半同胞群体QTL 区间定位的通用SAS 程序.docVIP

半同胞群体QTL区间定位的通用SAS程序 殷宗俊1，张勤2 （1.安徽农业大学动物科技学院，合肥 230036；2.中国农业大学动物科技学院，北京 100094） 在家畜中普遍存在的是分离群体，在数量性状基因定位方面，由于分离群体在各个家系内标记之间及标记与QTL之间的连锁状态是不同，同一位点可能存在着多个等位基因，且只有部分个体提供信息[1]，因而在分离群体中进行QTL定位时，其资源群体要以家系为单位，估计的参数也是以QTL方差组分为主。半同胞设计是家畜QTL分析的常用方法，设计中以父系半同胞为资源群体，利用父系及其半同胞后代的标记信息和表型信息进行QTL分析。 目前，用于分离群体QTL区间定位的统计方法主要有最大似然法和贝叶斯方法，不同的方法也都形成了很多相应的分析软件，但从现有软件的使用情况来看，多数分析软件或程序的专用性太强，对分子与表型数据的录入要求十分严格，输出的结果不易被完全理解，使用起来有一定的难度。SAS统计分析软件具有强大的计算分析功能[4]，并具有易编程和直观易懂等优点，目前在动物遗传育种的多个方面达到了应用，而在统计基因组及QTL定位方面的应用则不是太多，为此笔者在SAS统计软件应用于家畜QTL定位方面做了一些尝试性的探索，分析的方法采用最大似然法。 QTL区间定位方法 用于半同胞群体QTL定位的分析模型如下： 其中为第头公畜第个标记基因型内第个后代的表型值；为公畜的多基因效应；为QTL两个等位基因的加性效应（）；表示在标记基因型内后代继承杂合子公畜第个等位基因的概条件率（表1），主要取决于重组率。上述模型可以再参数化为，这里，为公畜组效应；，为加性QTL效应；为群体均值，为了分析上的简便设定。对上述模型可采用最大似然法进行求解。 表1 半同胞女儿的基因型及相对概率 公畜单倍型 后代基因型 基因型值 相对频率 标记基因型 通用SAS程序编制 通用的SAS程序见附录，程序中考虑了双侧翼标记单个区间的情况，但对于多标记的情况程序也是适用的，只要在原程序的基础上进行适当的扩展即可。QTL区间定位的分析方法采用常规的最大似然法。 实例分析 用于分析的数据由Monte carlo方法模拟产生，具体产生过程参见文献[2]和[3]。左侧标记与QTL之间的模拟重组率为0.08。以下是程序运行后所获得的结果： Obs L0 interval L1 LA LRT 1 24062.46 1 0.0001 24028.12 34.3348 2 24062.46 1 0.0101 24024.96 37.4966 3 24062.46 1 0.0201 24021.91 40.5500 4 24062.46 1 0.0301 24019.07 43.3876 5 24062.46 1 0.0401 24016.56 45.8991 6 24062.46 1 0.0501 24014.48 47.9816 7 24062.46 1 0.0601 24012.91 49.5503 8 24062.46 1 0.0701 24011.91 50.5477 9 24062.46 1 0.0801 24011.51 50.9498 10 24062.46 1 0.0901 24011.69 50.7674 11 24062.46 1 0.1001 24012.42 50.0430 12 24062.46 1 0.1101 24013.62 48.8440 运行结果给出了在不同重组率位置的似然检验统计量（LRT），可以看出LRT在重组率（L1）为0.0801处达到最大值，与QTL假定的位置相符。图1为似然检验统计量的剖面图。 图1 检验统计量（LRT）随重组率变化的剖面图 从上面的实例中可以看出，利用SAS程序进行分离群体QTL连锁分析在编程上简单易懂，分子与表型数据的录入直观易调整，计算速度快，输出的结果在内容和格式可以人为控制，并可以根据情况进行程序调整，以增加输出结果内容的可知性。另外，这一通用SAS程序可以在多种情况下进行扩展，对于多区间或其它资源群体的情况，只需