计算方法在蛋白质相互作用的研究中应用.pdfVIP

第 l7卷 第 1期 生命科学 V01．17．No．1 2005年2月 ChineseBulletinofLifeSciences Feb．．2005 文章编号：1004-0374(2005)01．0082．06 计算方法在蛋白质相互作用研究中的应用 曹建平 ·，马义才 ·，李亦学2，石铁流z (1电子科技大学生命科学与技术学院，成都 610054； 2中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心，上海 200031) 摘 要：计算方法在蛋白质相互作用研究的各个阶段扮演 了一个重要 的角色。对此，作者将从以 下几个方面对计算方法在蛋白质相互作用及相互作用网络研究中的应用做一个概述：蛋白质相互作 用数据库及其发展；数据挖掘方法在蛋 白质相互作用数据收集和整合 中的应用；高通量方法实验 结果的验证 ；根据蛋 白质相互作用网络预测和推断未知蛋 白质的功能；蛋 白质相互作用的预测 。 关键词：蛋 白质相互作用数据库 ；蛋 白质功能预测；蛋 白质相互作用网络 ；蛋 白质 间相互作用 中图分类号：Q．332；TQ937 文献标识码 ：A Theapplicationofthecomputationalmethodsinproteni- proteininteractionstudy CAOJian—Ping，MA Yi-Cai，LIYi—Xue，SHITie-Liu (1CollegeofLifeScienceandTechnology,UESTC，Chengdu610054，China；2BioinformationCenter,Shnaghai InstitutesforBiologicalSciences，ChineseAcademyofSciences，Shanhgai200031，China) Abstract：Computationalmethodsplayanimportantroleatallstagesoftheprocessofdeterminingprotein- proteininteractions．Here，computationalmethodsdealingwithprotein—proteininteractionsandinteraction networkarediscussedfrom fiveaspects：interactiondatabaseswiththeirconstructionanddevelopment； automateddataminingtechniquesdevelopedtoextractinfomr ationaboutinteractionsfrom thepublished literature；computationalmethodsusedfortheassessmentoftheresultsofhigh-throughputapproaches； exploitationoftheinfomr ationprovidedbyproteininteractionnetworksforpredictingfunctionalfeaturesof hteproteins；computationalmethodsadoptedofrpredictingprotein-proteininteractions． Keywords：proteininteractiondatabase；proteinfunctionprediction；proteininteractionnetworks；protein- proteininteraction 1 引言 作的不断进展，我们发现人类和老鼠在基因组上有 细胞的生命紧密地依赖于其 自身与周边环境的 很大的结构和序列相似性