基于粘贴模型的两类全排问题的DNA算法.pdfVIP

46 2010，46(4) CoraputerEngineeringandApplications计算机工程与应用 基于粘贴模型的两类全排问题的DNA算法 栗青生1，杨玉星t，马季兰2 LIQing-shengI,YANGYu-xingI,MAJi-lan 1．安阳师范学院 计算机与信息工程学院，河南 安阳 455000 ． 2．太原理工大学 计算机与软件学院，太原 030024 1．SchoolofComputerand Information Engineering，Anyang Nomr alUniversity，Anyang，Henan 455000，China 2．CollegeofComputerand Software，Taiyuan UniversityofTechnology，Taiyuan 030024，China E—mail：jade_star@163．com LIQing-sheng，YANG Yu-xing，MA Ji-ian．DNA algorithm oftwokindsoffullpermutationproblem basedon sticker mode1．ComputerEngineeringandApplications，2010，46(4)：46-48． Abstract： Sticker DNA algorithms of linear fullpermutation and circle fullpermutation are proposed based on the vast praallelism ofsticker model，and the differencesbetween the algorithmsarc illustrated．The operation steps are given through an instance，and simulation experimentsare carried outto illustrate thebiochemical processes．Thefinalco1Tectresu~sare goRen． Consequently，the feasibilitiesofthealgorihtmsareproved．Atlast，htecomplexitiesrae naalyzed． Key words：fullpermutation；circle pemr utation；DNA computing；stickermodel 摘 要：基于粘贴模型的巨大并行性，分别给出了线性全排列和圆周全排列问题的粘贴DNA算法；分析 了两类问题的DNA算法 的不同之处；通过一个实例给出了实验操作步骤，并对生化实验进行了模拟，得出了正确的结果，从而证明了算法的可行性。最后， 对算法的操作复杂度进行了分析。 关键词：全排列；圆排列；DNA计算；粘贴模型 DOI：10．3778~．issn．1002—8331．2010．04．014 文章编号：1002—8331(2010)04—0046-03 文献标识码：A 中图分类号：TP301．6 1994年 ，美国加利福尼亚大学的Adleman教授用现代分 的参与”以及 “材料可以重复利用”等优点，成为DNA计算中备 子生物技术，通过7天的生化试验 ，解决了7个节点的有向哈 受关注的计算模型之一。 密尔顿路径问题 1，开刨了DNA计算的新纪元。由于DNA计算 粘贴模型的存储区中放置着由存储链和粘贴链组成的存 具有并行性高、存储量大、能耗低、DNA资源丰富等优势，随 储合成物。存储链是一个 由n个不重叠的子链组成的单链 后，有关 DNA计算的研究在诸多国家展开，使用DNA方法解 DNA分子，而每个子链包含 m个碱基。每个粘贴链也是由m 决图论、数学问题是其中的一个热点。 个碱基构成，而且每个粘贴链均与存储链中的某一个子链满足 文献2【】提出DNA标号图的概念；文献[3]解决了0-1整数 Watson—Crick互补关系。当一个存储合成物中的某—√卜位元为 规划问题；文献4【】提出了一种基于分治的背包问题的DNA算 单链时表示0，为双链时表示 1。 法；由于在