大规模平行测序技术_MPSS_研究进展.pdfVIP

2004 ; 31 (8) 　　 　　 　　　生物化学与生物物理进展 　　Prog. Biochem. Biophys. 7·61 · 新技术 　新方法 大规模平行测序技术 ( MPSS) 研究进展 陈 　杰 (第三军医大学新桥医院肿瘤科 , 重庆 400037) ( ) 摘要 　大规模平行测序技术 massively parallel signature sequencing , MPSS 是以 DNA 测序为基础的大规模高通 量基因分析新技术 , 通过标签库的建立、微珠与标签的连接、酶切连接反应和生物信息分析等步骤 , 获得基因 表达序列. MPSS 具有能测定表达水平较低、差异较小的基因 , 不必预先知道基因的序列 , 自动化和高通量等特 点 , 是值得推广的技术. 关键词 　基因 , 表达分析 , 大规模平行测序 学科分类号 　Q3431 , Q78 ( ( ) 　　大规模平行测序技术 massively parallel 每一标签序列在样品中的频率 拷贝数 就代表了 signature sequencing , MPSS) 是 Brenner 等[1 ] 于 与该标签序列相应的基因表达水平 , 所测定的基因 2000 年建立 , 由美国 L ynex 公司 ( www. lynex. 表达水平是以计算 mRNA 拷贝数为基础 , 是一个 com ) 将其商品化的一种基因克隆新技术. 在发明 数字表达系统 , 只要将病理和对照样品分别进行测 之初就与 TA KARA 公司联手向全球推广. 其核心 定 , 即可进行严格的统计检验 , 能测定表达水平较 技术分别由 MegaClone 、MPSS 和生物信息分析三 低、差异较小的基因 , 而且不必预先知道基因的序 部分组成. 是基于序列分析技术的高通量、高特异 列 , 该技术的特点是基因表达水平分析的自动化和 性和高敏感性的基因分析技术. 本文就最新建立的 高通量. 大规模平行测序技术做简要介绍 , 并比较该技术与 大规模平行测序技术 , 其基本方法是从生物样 其他几种常用技术的优缺点. 品中提取 mRNA , 将 mRNA 分子转换成 cDNA , 通过固相克隆将该 cDNA 均匀地加载到特制的小分 1 　MPSS 概况 子载体表面 , 然后在小分子载体上进行大量的 基因药物及相关诊断试剂开发的首要条件是要 PCR 扩增. 将所有 cDNA 游离的一端进行精确测 找出导致疾病或与疾病相关的基因. 人类基因组共 序产生 16 至 20 个碱基. 每一特定序列在整个生物 有 1 万至 5 万个基因 , 而在人体的任一器官、任一 样品中所占的比例 , 就代表了含有该 cDNA 基因在 时刻 , 大约有 1 万至 15 万个基因在同时起作用. 样品中的相对表达水平. 该技术能将一个生物样品 找出与疾病直接相关的基因是一个复杂的过程 , 涉 中几乎所有表达了的基因全部分别克隆到特制的小 及到基因表达水平的测定、蛋白质表达、抗体产生 分子载体上 , 然后把几十或上百万个小分子载体放 和测试 , 以及复杂的实验设计和数理统计. 而其中 进一个特殊的