酪氨酸磷酸酶超家族序列与结构的比较研究.pdfVIP

参考文献 l kawasakiM，kawasakiTId“onandcharacterimtionofa fromhuman㈣JBioehem，1983，94：937—947 mannan—bindingprotein 2 associationwithanovel Activationoftheclzasicalcomplement nuarmose-binthngpmteinin Cls-likesefine MatsushitaM，蝎iraT pathwayby pmtet№JExp Med，1992．176：1497—1502 3YokochJ Y，Kimurad interaction with ariditsminion T，lnoue Y，H Strong oflipopolysacchafidesp0目e％1I．gthe㈣homopolysaccharidescomplement to actionjl眦nunol，1990，144：3106—3110 adjuvant 酪氨酸磷酸酶超家族序列与结构的比较研究+ 黄京飞1,2TomL．Blundell2 (1中国科学院昆明动物研究所 2DepamnentofBiochenfisUy，UniversityofCambridge，UK) 摘要本文在对酪氨酸磷酸酶三维结构进行重叠和序列联配的基础上，就其序列与结构进行了比较研究。结果 显示，虽然蛋白质磷酸酶I与Ⅱ之间的序列一致性较低，但它们的三维结构、活性位点的构象却明显相似，且共同 具有一个保守的特征序列片段。因此作者建议，磷酸酶I与Ⅱ应属于同一超家族的蛋白质，而不是分属于两个超 家族。基于研究结果，本文还就蛋白质序列与结构的关系问题进行了初步探讨。 关键词磷酸酶超家族联配 1引言 蛋白质中酪氨酸的磷酸化与去磷酸化，在调控细胞的分裂、分化和发育过程中，具有重要的作用。蛋白 质酪氨酸磷酸酶(Protein tyrosine 族；而磷酸酶Ⅱ则包括两个家族，一个是高分子量磷酪氨酸磷酸酶，另一个为双重专一性磷酸酶。目前，已知 P1P(1ypt)和双重专一 种酶同属磷酸酶Ⅱ超家族，而lphr则属磷酸酶I超家族。 基于蛋白质结构的序列联配方法，对于研究蛋白质家族和超家族的结构、功能与进化关系是一种有效的 方法，特别是当序列的一致性低于25％时。研究显示，对于功能重要的残基是保守的，并且位于拓扑结构的 等价位置[21。由于PTP各家族间的序列有较大差异，因此，我们利用基于蛋白质结构的序列联配方法，对已 知其晶体结构的PTP各家族问的序列与结构的关系，进行了研究和探讨。 2材料与方法 结构域的序列进行联配，序列中的一些较大的插入已被删除。联配后的序列用JOY程序[2]进行表示。 3结果与讨论 *王宽诚皇家学会奖学金资助项目。 383 的有很大差异，lphr的活性位点片段(C-x5．R)位于 图1酪氨酸磷酸酶的序列联配比较 其N-末端，而磷酸酶Ⅱ的则位于C-末端。为了使方框．磷酸酶的特征序列片段；箭头一保守残基冲a_螺旋；p阻片层；序列中 j曲r的序列能够与：ha、·卯t和t小r的联配，我们；某言嚣蒌薹髹蒙：嚣焉篆：翼羹冀嚣支釜：未器萎耋 将lphr 经过这样的处理，我们得到了它1门的序列联配图(。)一与主链的酰氨成氢键的残基；下划线(!)与主链的羧基成氢键的残 (图1)。 基；变音符(。)一肜成二硫键的残基 虽然磷酸酶I与磷酸酶Ⅱ的序列一致性很低 等，因此，磷酸酶I与Ⅱ应属于同一蛋白质超家族，至于它们序Y01目q的较大差异，则可能是长期进化的结果。 蛋白质