RS%2f6000机群系统中分子动力学并行算法地研究.pdfVIP

中国工程热物理学会 工程热力学与能源利用 第十届年会 编号；0111】7 RS／6000机群系统中分子动力学并行算法的研究 吴江涛1刘志刚1何戈2董小社2 (1西安交通大学能源与动力工程学院．西安，710049) (2．西安交通大学新型计算机研究所，西安．719049) 联系电话：029—2663863，Email：jtwu@xjtu．edu．c1] 摘要通过对分子动力学并行算法的研究，本文在IBMRS／6000工作站机群和PVM环境中，用消息传 递机制方式实现了撒正则系综(mrE)分子动力学的并行计算程序．通过对不同分子鼓f分子魏扶256～ 108000)组成的氨气系统模拟，认为在考虑分子间长程作用力时，采用原子分解法实现分子动力学并 行算法具有理想的加速比t在只考虑分子间短程作用力时，采用空间分解法算法则具有理想的加速比。 关键词：流体物性岳钉分子动力学机群系统 ， ～， 0641 伊圈分类号TQ013．13， 1．前言 分子动力学是目前分子模拟研究的主要方法之一，在物理、化学、生物、医药以及 材料等许多研究领域得到了越来越广泛的应用。如可以通过分子动力学的方法，从微观 的角度研究化学反应过程的机理和本质；模拟研究传统理论无法解释的物理和化学现 象；对新材料或新设计药品的特性进行分析研究；对极端状态如高温高压下流体的物理 与化学性质进行模拟研究等等。而且与MonteCarlo法相比，分子动力学不仅可以模拟 平衡性质，还可以模拟时间关联量如流体的输运性质等，因此在许多情况下只能采用分 子动力学方法进行模拟研究。 实际研究表明，分子动力学模拟结果的可靠性主要取决于模拟系统所采用的分子间 相互作用模型和模拟系统的分子数日，因此在计算条件允许的前提下，都尽可能的提高 模拟系统的分子数，以获取高精度的模拟结果。然而分子动力学模拟对计算机的要求包 括CPU速度和内存容量等，随着模拟系统分子数的增加而成倍增加[93，远远高于Monte 44P RS／5000 Carlo法的要求。即使采用目前先进的多CPIJ工作站(如IBM270)对简 单LJ流体的物性进行模拟，由于计算时间限制，系统模拟的分子数也很难超过106。髓 着现代并行计算技术的发展，并行计算在大规模科学计算和事务处理中发挥出越来越明 显的优势，同样也为分子动力学模拟提供了新的研究手段和条件。目前并行计算环境正 从传统的阵列机、并行向量机(PVP)、共享存贮对称多处理机(孙仰)向分布式共享 存储多处理机(DSM)、大规模并行处理机(MPP)和工作站机群系统(COW)发展． 而且随着网络通信技术的发展和PC机、工作站性能的迅速提高，机群系统正在取代 584 MPP而成为并行计算机的主流。 RS／6000(43P，150)工 本文在分子动力学并行算法的研究基础上，在由8台IBM 作站组成的小型工作站机群系统中，实现了分子动力学的并行计算程序，并对CPU数 量、模拟系统的分子数、不同分子问作用力的计算方法等与并行算法加速比问的关系进 行了研究，为进行分子动力学模拟的算法选择和优化提供参考意见，也为今后进一步开 展大规模机群系统的分子动力学模拟研究积累经验。 2．分子动力学简介 根据描述分子间相互作用方式，分子动力学(加)可以分为经典分子动力学和量子 分子动力学，其中经典分子动力学又可以分为平衡分子动力学(啪)和非平衡分子动 力学(NEMD)。本文涉及的研究内容为平衡分子动力学模拟，主要的思想是将N个粒子 组成的体系抽象成为N个相互作用的质点，然后给出这N个质点相互作用的势能模型， 在经典力学的框架中，运用经典力学方程(如哈密顿方程、拉格郎日方程，牛顿力学方 程等)，求解每个粒子的运动轨迹，并在此基础上，研究该体系的结构及相关性质。根 据模拟系统的特点，平衡分子动