栽培稻种内核糖体基因的ITS序列比较的研究.pdfVIP

科技创新 开拓未来-2005年湖南师范大学第一届青年科技论坛 栽培稻种内核糖体基因的ITS序列比较研究① 戴小军 黄光文 梁满中 欧立军 陈觉梁 陈良碧 (湖南师范大学生命科学学院) 摘 要 为典型的籼亚种(o．s02itm ssp．indica)品种、2个典型粳亚种(0．sativassp．japonica)品种、1个为利用普通野生 稻细胞质雄性不育材料转育而成的籼型三系不育系和1个利用粳型光敏不育系农垦58S为不育基因源转育 而成的籼型两用不育系。研究结果表明。栽培稻种内(ITS)的全序列的长度变化范围为424—426bp，G+C含 量变化范围为74．59％一75．59％，总变异位点16个，占总碱基数的3．75％；有12个信息位点，占总碱基数的 2．82％。以ITS全序列构建的系统树能将栽培稻区分为籼、粳2个亚种群，其中在典型的籼亚种和典型粳亚 种之间有4个区分亚种的标志性碱基。与普通野生稻或粳稻杂交转育而成的籼型雄性不育系的ITS序列中 合有普通野生稻或粳稻的特征性碱基。 关键词 水稻；核糖体基因(nrDNA)；内转录间区(ITS)；序列；分子标记 高等植物的细胞核中，编码核糖体RNA的基因是高度重复的串联序列。每个细胞中的拷 贝数在l一10 transcribed ITS(internal 高度保守区，ITS序列为进化速度较快的中度保守序列，且各莺复单元间具有同步进化的特 点。因此，ITS作为基因标记很快成为在序列水平上探讨系统发育和进化研究的有效手 段【l。J。相比之下，ITS序列在裸子植物中变异十分复杂№J，而在被子植物中变化很有规律， 已广泛应用于被子植物的科内、近缘属间以及种间关系的研究【7q]。周毅等¨引以ITSl序列 对普通野生稻(Oryza 统发育关系与前人用同功酶、叶绿体DNA、线粒体DNA和核DNA资料构建的稻属系统发育关 系基本一致。 一般认为，由于ITS序列进化速度相对较快，不适于科以上高分类单元的系统学研究，而 又由于较高的保守性，不适于种内各品种的区分【11|。但在低等生物中，用ITS序列对其近缘 种，复合种及种内生物型亲缘关系和系统工程发育关系研究获得了很好结果¨2“5|。栽培稻经 人类数千年的选育，不仅已分化为区别明显的两个亚种即籼亚种(0．sativassp．indica)和粳亚 ①国家863计划项目资助(编号：2002AA221001一19) 170 hi耄llo ch嘲gxin ∥～一j。：樽*¨一?r|，t；；廿誓keji we眦e。i凇‘蛳?mm可．．‘．。??，蓬 种(统sativa 具等都是值得探讨豹阔题。本文以药用野生稻为外类群，以普通野生稻为对照对栽培稻种内 ITS序列进行了比较研究。 1材料与方法 1．1树耨 供试材料中普通野生稻(Oriza s撼iva sativa (yuchi231—8)和典型的粳稻(Oryz 质雄性不育材料转育而成的籼型三系不育系，后者是利用粳型光敏不育系农垦58S为不育基 因源转育癣i成的釉型两用不育系，作失j暑典型籼型壶缘栽培稻材料。外类群药用野生稻 AF029380。 l。2 方法 1．2．1DNA提取 取以上材料的幼升，用传统的SDS法提取DNA”引。 1．2．2PCR扩增 AGTCGTAACAAGGrIT 软件设计引物，由上海生工合成。双引物的序列分别为5’一AGA 托CGTA GG一3翻57一TCC 5一， 25mM 4一，10mMdNTP DNA MgCl2 l出，50mM引物各l山，DNAdOng，Taqpolymerase0．4砧，总 体积501匡1。扩增翟痔为：95℃颈变性8min，接着以鳄℃lmin、5