丫杈猪群体遗传结构微卫星标记分析.pdfVIP

丫杈猪群体遗传结构的微卫星标记分析 刘锐 李江凌 杨雪梅 吕学斌 四川省畜牧科学研究院 四川，成都610066 本研究利用FAO推荐用于遗传多样性研究的微卫星标记分析，发现丫杈猪群体遗传多样性高，微卫 星多态信息含量丰富。通过比较分析及计算，丫杈猪和青裕猪虽然有一些共性，但丫杈猪的特性鲜明，微卫星标 记分析的遗传结构二者差异明显，将丫权猪和青裕猪并入同一类，是需要重新研究的。 丫杈猪；微卫星；遗传结构 四川省畜牧兽医学会2012年学术年会 进行优化，取得最佳的扩增效果。其中编号为7，9，10，18，28，30的引物因扩增条带不清晰、唯一而舍 弃。故共24对微卫星引物在试验样本中进行检测。这24对引物扩增效果好，得到明亮清晰而唯一的目 的条带。并根据目的片段大小不同，设计了多重PCR，经琼脂糖凝胶电泳检测进行目的片段大小确认。 经过测序确定是所需要的片段。通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，分离各目的片段，再用硝酸银染色法染 色。 1．3统计分析 sm 采用GENEPOPVerSion3．4计算等位基因频率：多态信息含量(p01ymorphi 7 S 7 tandara distance．Ds)和Neis遗传距离(Nei’S genetic genetic Test检验所得聚类结果的可靠性：使 (neighbor--一joiningmethod。NJ)进行聚类分析，利用Bootstrap 用计算机软件STRUCTURE(V2．1)和DISTRUCT进行遗传结构的推导分析。 表1 三个地方猪品种名称和采样情况表 2结果与分析 2．1微卫星座位的等位基因变异 各微卫星座位的等位基因数和多态信息含量限于篇幅未列出。从结果可知，S0143座位的等位基因数 多态。因此，检测的样本群体具有很高的遗传变异性。 2．3群体内遗传变异 2．3．1 特有等位基因及频率 特有等位基因是指品种在所研究的座位上特有，而其他品种没有的等位 L01，内江猪和青峪猪各2个，分别是 基因。丫权猪特有等位基因最多，共4个即S0026、Sw72、S0090、SO S0155、S0097和S0218、Sw240。 2．3．2优势等位基因及其频率优势等位基因是指品种在特定的基因座位上相对集中的等位基因。 sw857位点，达到5个。优势等位基因在三个群体各不相同。同一位点在群体中的等位基因数目和 频率不同可以反应群体内和群体间的差异。这一结果表明(数据略)，丫权猪和青裕猪群体间存 在遗传差异。 26 第一篇遗传育种 2．3．3多态信息含量及平均遗传杂合度3个地方猪种的多态信息含量、平均杂合度见表2。 表2三个地方猪品种的多态信息含量(PIC)、平均杂合度(H) 3个猪种在所研究的24个座位上共拥有663个等位基因。丫权猪的平均等位基因数最多(9．46)，其 (O．836)，青裕猪最低(O．825)。这表明检测样本群体有丰富的遗传变异。 2．4群体间遗传变异 7 7 3个地方猪品种f司的Nei s遗传距离(DA)和Neis标准遗传距离(DS)见表3。 衰3 三个地方猪品种间的标准遗传距离(右上角)；T《IDA遗传距离(左下角) 由表3可见，丫权猪与青裕猪的DS遗传距离比丫权猪与内江猪的DS遗