使用GPU加速BLAST算法初探.pdfVIP

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2017-08-12 发布于安徽
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使用GPU加速BLAST算法初探.pdf

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CN43—1258／TP 计算机工程与科学 2009年第31卷第11期 ISSN1007—130X CA)MPUTERENGINEERINGSCIENCEV01．31，No．11．2009 文章编号：1007—130X(2009)11—0098—04 使用GPU加速BLAST算法初探+ A onParallelized PreliminaryExploration BLAST GPU AlgorithmUsing 万宁1一。谢海波2。张清2。赵开勇2．一。褚晓文3，于军1 WAN Jiml Ningj，-。XIEHai-b02，ZHANGQl留。ZHAOKai-yon92，一，CHUXiao-we一．YU (1．中国科学院基因组科学及信息重点实验室。北京100029；2．浪潮集团高效能服务器和存储技术国家重点实验室，北京，100085；3．香港浸会大学计算机系。香港；4．中国科学院研究生院。北京100049) ofGemSciencesand of of (1．KeyLaboratory Information，ChineseAcademySciences，ChineseAcademySciences- State of Server Beijing100029；2．The LaboratoryHigh-Performanceand Key StorageTechnology．1nspurGroup． of Beijing100085；3．DepartmentComputerScience．HongKongBaptjstUniversit。HongKong； 4．Graduate of of UniversityChine∞AcademySciences，Beijing100049．China) 序列查询比对的算法和软件包，其处理速度受到串行化执行和磁盘I／o等因素的影响。本文通过实验分析了BI。AST软件包中的典型程序BLASTN的运行热点，并选定关键热点模块，应用CUDA编程技术对其进行并行化改造。对比实验结果表明，对于平均序列长度较大的序列库，应用GPGPU并行化可明显缩短该模块的运行时间，获得超过35倍的加速比。这说明，我们可以利用GPGPU对BLAST进行并行化加速，以满足高性能生物序列查询的需求。 Abstract：Inthisarticlewe anovel tO theBLAST theGPGPUtechnol— present approachaccelerating algorithmbyusing isthemost used andsoftware for search．Itis，however。limited ogy．BLAST widelyalgorithm packagebiologicalsequence serial and disk BLAST the heavyI／o analyzeBLASTN，atypical most by process operation．We