γ氨基丁酸受体基因系统性调控网络优秀参考文档.pdfVIP

笫 32卷 第 2期 深圳大学学报理一版 Vo1．32 No．2 2015年 3月 JOURNALOFSHENZHEN UNIVERSITY SCIENCEAND ENGINEERING Ma 2015 【生物工程 ／Bioengineering】 一 氨基丁酸受体基因的系统性调控 网络 赵云燕 ，李 中 ，陈丹妮 ，雷清锋 ，何 露 ，韦 睿 1)中山大学附属第六医院神经科，广州 510655；2)深圳大学光 电工程学院，深圳 518060 摘 要 ：提 出一种多学科交叉结合的策略，试 图初步获得系统性调控 一氨基丁酸 (gamma—aminobutyric acid．GABA)受体基因的转录因子线索．利用基于功能基因组学方法的DNA元件百科全书计划已发表的数 据 ，系统性地获得 GABA受体基因的开放染色质序列，并以此作为固相化探针 ，捕获与其特异性相互作用 的蛋白质分子，并利用质谱分析鉴定蛋 白．结果发现，对不同脑区获得的核蛋 白，探针都能捕获到同样的 特异性条带，然而，作为对照的天 门冬氨酸 (N—methyl—D—aspartate，NMDA)受体基 因相关的开放染色质探 针，在不同脑区中并未检获上述特异信号，说明结合蛋 白是特异的．质谱分析表 明，与GABA受体基因相 关的开放染色质特异相互作用的蛋白是核膜血影重复蛋白一1(nuclearenvelopspectrinrepeatprotein一1，Nesprin。 1)，叉称 synapticnuclearenvelope一1(SYNE．1)．进一步的调控网络生物信息学分析表 明，Nespfin一1可能与 MAFA、IRX2、BCL6、CEBPA 以及 RP58等转 录因子 形成复合物，并 与 GABA 受体基 因 GABRA5、 GABRA6、GABBR1和GABBR2等共表达．表明GABA受体基因在不同脑区是通过相同的转录调控机制进 行表达的，Nesprin．1可能与 MAFA、IRX2、BCL6、CEBPA 以及 RP58等转录 因子形成复合物进 而调控 GABA受体基因表达 ，该特异的转录因子调控网络有望用于诱导多能干细胞或是前体细胞直接分化为GABA 能神经元． 关键词：分子生物学；,y-氨基丁酸受体 ；开放性染色体 ；转录调控 ；转录因子；核膜血影重复蛋白 中图分类号 ：R338．2；Q426 文献标志码 ：A doi：10．3724／SP．J．1249．2015．02128 Systematicregulatorynetwork of gamma--am inobutyricacid receptorgenes ZhaoYunyan ，LiZhong”， ChenDanni，LeiQing~ng， HeLu ，andW eiRui 1)DepartmentofNeurology，FheSixthAffiliatedHospital，SunYat—senUniversity，Guangzhou510655，P．R．China 2)Colle~eofOptoelectronicEngineering．ShenzhenUniversity．Shenzhen518060，P．R．ChiHa Abstract：Byusingamuhidisciplinarystrategy，wetrytosystematicallyfindoutthetranscriptionfactorsthatregu— lategamma—aminobutyricacid (GABA)receptorexpression．Basedonthepublisheddataintheencyclopediaof DNAelements(ENCODE)，weobtainopenchromatinsequencesofGABAreceptorgenes．Thesesequencesare usedassolidphaseprobestocapturethespecificproteinsthatcouldinterac