蛋白质相互作用研究方法的分析.pdfVIP

佰息技术与佰患亿 蛋白质相互作用研究方法的分析 AnalysisofProtein——protein InteractionResearchMethods 李娟娟 陈月辉 LIJuan——juan CHENYue—-hui Abstract Proteinisoneofthemostimportantcomponentsinlivingbody．Itisthemainembodimentand implementationofthebiologicalfunctions．Themajorityofproteinsareinteractionwithotherproteinstoperform biologicalfunctions．Thisarticleismainlytostudyprotein—protein interactionproblems，and summarizesthe methodsusedtothisstudy．Itanalyzesthreeaspectsabouttheproblem offeatureselection，thekindsofinterac— tion，thedesignsoftheclassifierbasedontheproteininteractionstudies．Andthinksaboutownresearchmeth— od． Keywords Computationalintelligence Protein——proteininteraction Featureextraction Classifier doi：10．3969／j．issn．1672—9528．2012．05．22 随着人类基因组全序列测序与工作草图的完 表现出来的。蛋 白质问相互作用是实现功能的基 成，基因组学研究的重心已逐渐 由结构基因组学向 础，细胞进行生命活动过程是蛋 白质在一定时空下 功能基因组学转移，生物医学随之进入一个新纪 的相互作用 。 元——后基因组时代。在后基因组时代，一个重要 相互作用的蛋白质的含义是：参与同一个代谢 任务就是对蛋白质组学的研究。蛋白质是生物体内 途径或生物学过程；属于同一个结构复合物或分子 最重要的组成成分之一，主要体现和执行生物功能， 机器的元件。它们之间可以发生 “物理”上的接触， 多数蛋白质都是与其它蛋 白质进行相互作用才能执 也可以不接触，而仅是遗传上的关联。研究蛋 白质 行生物功能，例如：酶的催化、细胞运动、信号传导、 问相互作用的最终 目标是建立模式细胞系统中全部 物质运输和免疫反应等。另外疾病的发生、发展等 蛋 白质相互作用的网络，即蛋 白质相互作用组HJ。 均受蛋白质相互调控的影响，在生物体 内相同或不 蛋 白质相互作用存在于机体的每个细胞的生命 同的蛋白质分子之间都存在着相互作用，如抗体和 活动过程中，并且相互交叉形成网络，在遗传物质的 抗原的结合，产生免疫反应；蛋 白质抑制剂与酶的结 复制、基因的表达调控、细胞的代谢过程、细胞的信 合，抑制酶活性等，这些相互作用对于机体的生理与 号传导、生物体的形态形成等方面发挥着重要的作 健康，具有重要的意义。 用。对蛋 白质相互作用的研究不仅具有重要的理论 意义，还可以为探 明致病微生物机理和开发新药提 1 研究 目的和意义 供指导，因此蛋白质相互作用的研究是蛋白质组学 蛋白质功能的研究是后基因组时代的重要课 研究中的最重要的内容之一。 题，而蛋 白质功能是通过蛋 白质之间的相互作用而