3种芸薹属植物ROH1基因的克隆及分析.pdfVIP

安徽农业科学，JournalofAnhuiAgri．Sci．2015，43(3)：18—21，46 责任编辑 李 占东 责任校对 李岩 3种芸薹属植物 ROH1基 因的克隆及分析 张贺翠，廉小平，柳菁，李帮秀，周燕 (西南大学农学与生物科技学院，重庆400716) 摘要 [目的]通过PCR和 RT—PCR技术从甘蓝、白菜和萝 中扩增ROH1基 因序列，分析该基因的基本特性。[方法]采用生物信息学 的相关方法进行分析。[结果]甘蓝、白菜、萝 卜ROH1基 因没有 内含子，甘蓝ROH1基因编码398个氨基酸，白菜和萝 卜ROH1基因均编 码4OO个氨基酸，3种植物的ROH1蛋白序列与拟南芥 已经公布的ROH1(Atlg63930)蛋 白氨基酸缺少一段连续的氨基酸序列；ROH1属 于DUF／93蛋白超家族，它没有跨膜结构域和信号肽，二级结构主要由ot一螺旋和无规则卷曲构成。同源比对及功能联想分析发现植物 中ROHl非常保守，系统发育分析表 明甘蓝、白菜和萝 卜的关系最近；结构功能分析发现 ROH1可能与BYPASS蛋 白和 AT4G11300蛋白 的功能相似。l结论 1为研究DUF／93蛋 白超家族功能提供参考。 关键词 ROH1基 因；基因克隆；DUF793蛋 白超家族 中图分类号 S188 文献标识码 A 文章编号 o517—66l1(2015)03—018—04 CloningandAnalysisofR伽 from ThreeBrassicaPlants zJ{ANG IIe—cui，UANXiao-ping，LIU抽嚷etal (CoHegeofAgronomyandBiotechnology，SouthwestUniversity，Chongqing400716) AI~raet IObjectivelI11esequencesofRDⅢ geneswereamplifiedbyPCRandRT—PCRfromthreeBra35~aplantswhichareBrasswaolera— oea，BrassarglpeandRaphanussativus．1Method lUsingrelevantmethodsofbioinformaticsanalyzes．IResultl eresultsindicatedthatthe gDNAofRDHlwaswitlloutintrons．RO日1geneencodes398aminoacidsinBrasswao raceawhenitencodes400aminoacidsintheBrassica roloenadRapharmssativus．Acontinuousperiod ofaminoacidswasdeletedfrom theR0H1inthethreeplantswhichwerecomparedtoROHI (Atlg63930)inArabidopsisthaliana；ROH1belongedtoDUF793proteinsuperfamily，naditmightnotbeatransmembranedomainwithnoa signalpeptide．ThesecondarystructureofROH1mainlycomposedofot—helixandrandom coilconstituted．Homologousalingmentandfunctionof theassociationanalysisshowedthatROH1was veryconservative．andPhylogeneticanalysisshowedthattherewerecloselyrelationshipbetween Brassicaoleracea，BFassicarapeandRaphanussativus；ThestructureandfunctionanalysisfoundthatROH1mayreesmbletoBYPASsproteinand Arr4Gll30oprotein．1ConclusionlThestudyprovidedareferenceforthestudyoffunctionaboutDUF793proteinsuperfamily． Keywords RO日lgene：Geneclone：DUF793proteinsuperfamily 囊泡分泌和转运过程是真核细胞生命活动的基本事件 列及其蛋白质