构建SLE患者novel microRNA差异性表达谱及其靶基因的功能分析.pdfVIP

第36卷第2期 西 安 交 通 大 学 学 报 (医 学 版 ) Vo1．36No．2 2015年 3月 JournalofXi’anJiaotongUniversity (MedicalSciences) M ar．2O15 ◇临床研究◇ 构建SLE患者 novelmicroRNA差异性表达谱 及其靶基因的功能分析 陈文标 ，戴 勇 ，钟 馨 ，叶素惠 ，何桂芳。，缪 蕙 ，丘衍博 ，李朝辉 (1．暨南大学第二临床学院，深圳市人 民医院肾脏 内科 ，广东深圳 518020； 2．深圳市第九人 民医院肾脏 内科 ，广东深圳 518116) 摘要：目的 构建系统性红斑狼疮 (SLE)患者与健康对照者 (NC)新小核糖核酸 (novelmieroRNA)的差异性表达谱； 对显著性差异表达的novelmieroRNA进行靶基 因预测 ，对靶基因的GO(geneontology)及 KEGG(kyotoencyclopedia ofgenesandgenomes)的功能进行分析 ，探讨 SLE 的发病机制 。方法 运用高通量测序技术 (high-throughput sequencing)获得 SLE与 NC总的RNA，对总 RNA进行长度分布、基 因比对 、RNA分类注释 、RNA特有及公共序列 统计后 ，运用 Mireap软件预测 novelmicroRNA。得到 novelmieroRNA进行差异性表达分析 ，寻找两组之间具有显 著性表达 的novelmicroRNA。采用 Targetscan软件对差异性表达 的novelmicroRNA进行靶基 因预测 ，并选取靶基 因借用DAVID功能注释软件对其参与的生物学过程进行 GO富集及 KEGG通路分析。结果 61个 novelmicroR— NAs在 SLE与 NC组之间具有显著差异性表达，其中43个上调表达，18个下调表达。差异性表达 novelmicroRNA 的靶基因主要富集在细胞与小分子结合、细胞器官与细胞膜、细胞代谢 中。靶基因KEGG通路主要体现在粘附复合 体通路中。结论 SLE与NC的novelmicroRNA存在差异性表达。差异性表达 novelmicroRNA 的靶基因可能在 SLE的发病机制与临床症状 中起着重要作用 ，可能作为特异性靶点深人研究。 关键词 ：系统性红斑狼疮 ；新小核糖核酸 ；靶基 因；差异性表达 ；GO富集 ；KEGG通路 中图分类号 ：R593．24，R343．1 文献标志码 ：A DOI：10．7652／jdyxb2015020l6 Spectrum construction ofdifferently—expressednovelm icroRNA inSLE patientsandfunctionanalysisofitstargetgenes CHEN W en—biao ，DAIYong ，ZHONG Xin。，YE Su—hui， HEGui—fang ，M IU Hui，QIU Yan—bo ，L1Zhao—hui。 (1．ShenzhenPeople’sHospital，theSecondClinicalM edicineCollegeof JinanUniversity，Shenzhen518020；2．DepartmentofNephrology， theNinthPeople’sHospitalofShenzhen，Shenzhen518116，China) ABSTRACT：Objective TopredictthenovelmicroRNA insystemiclupuserythematosus(SLE)andhealthy