人糖皮质激素受体调控靶基因的生物信息学分析.pdfVIP

2008年 11月 基础医学与临床 November2008 第28卷 第 11期 Basic ClinicalMedicine Vo1．28 No．11 文章编号：1001—6325(2008)11—1146—05 研 究 论 文 人糖皮质激素受体调控靶基因的生物信息学分析 曾 灵，顾 玮，严 军，王海燕，周建云，蒋建新 (第三军医大学 大坪医院野战外科研究所 创伤、烧伤、复合伤国家重点实验室第四研究室，重庆400042) 摘要：目的分析糖皮质激素受体 (GR)靶基因在人类基因组的分布及功能，明确其生物学意义。方法 通过 生物信息学的方法，在人类基因组中找出所有含有糖皮质激素反应元件 (GRE)保守序列的基因。通过NCBI的 基因注释得到基因名称、功能、基因的蛋白产物及其对应的基因本体学 (GeneOntology，GO)号等，然后对这 些基因的功能进行 GO分类 ，最后重点分析这些基因在免疫、炎症反应中的作用。结果 含有 GRE-1保守序列 (5一AGAAcAnnnTG1丫rcT．3)的基因共有225个，其中有18个位于基因启动子区域，10个位于基因外显子区域， 197个位于内含子区域；含有GRE．2保守序列的基因有94个，其中有 13个位于基因启动子区域 ，5个位于基因 外显子区域，76个位于内含子区域。结论 含有 GRE的基因中F2R、DAXX、PAG1、ULBP3、OR8D4、RIMS1、 NPY2R与激素代谢、免疫以及应激响应相关。 关键词 ：糖皮质激素；糖皮质激素受体；糖皮质激素反应元件；GRE的保守序列；生物信息学 中图分类号：R318．04 文献标志码：A Bioinformaticsanalysisofhumanglucocorticoidreceptor regulatedtargetgenes ZENGLing，GUWei，YANjun，WANGHai—yan，ZHOUJian—yun，JIANGJian—xin (StateKeyLaboratoryofTrauma，BurnsandCombinedI~ury，InstituteofSurgeryResearch；DapingHospital，theThirdMilitary MedicalUniversity，Chongqing400042，China) Abstract：0bjective Toidenti~thedistributionandfunctionofglucocorticoidreceptor(GR)regulatedtarget genesinthehumangenome，andtofindthebioinformaticsignificance．Methods Withbioinformaticsmethods， wefoundoutallthegenescontainGlucocorticoidResponseElement’S(GRE)consensussequences，SOweextend- edourstudytothedistributionofconsensussequencesin thehumangenomeandthefunctions，proteinproducts andtheGeneOntology(GO)numberoftheGRtargetgenesandthentoemphasizethesegenes’functioninin- flammationandimmunity．Results Wefound225geneswhichcontaintheGRE一1consensussequence(5一AGAA— CAnnnTGTTCT一3)and94genescontainingGRE一2consensussequence(5一GGTACAnnnTGTICT-3)．Conclu- sio