红尾副鳅线粒体基因组序列测定与分析.pdfVIP

第 42卷 第 4期 陕西师范大学学报 (自然科学版) Vo1．42 NO．4 2014年 7月 JournalofShaanxiNormalUniversity (NaturalScienceEdition) Ju1．，2014 文章编号 ：1672—4291(2014)04—0050—07 红尾副鳅线粒体基 因组序列测定与分析 史妍茹 ，邢连喜 ，陈 涛。，杨 敏 ，尤 平 (1陕西师范大学 生命科学学院，陕西 西安 710119；2西北大学 生命科学学院， 陕西 西安 710069；3桂林理工大学 国有资产管理处 ，广西 桂林 541004) 摘 要 ：采用长 PCR和嵌套 PCR相结合 的方法测定并注释 了红尾副鳅 Paracobitisvariegatus (DabrydeThiersant，1874)线粒体基因组全序列．结果表明：红尾副鳅线粒体基 因组全长 16571 bp，A+T含量 55．6 ，基 因构成及排 列与其他硬骨鱼基本相 同，包含 37个基 因和 1个控制 区 (D-loop区)．基因组结构紧密，除控制 区外基因间仅存在 63bp的间隔，33bp的重叠．13个蛋 白质 编码基 因中，除 了COI基 因以GTG作为起始密码子，COIl、COIII和 Cytb以不完整的T，ND4基 因以不完整的TA作为终止密码子外 ，大都 以典型的ATG作为起始密码子，以TAA或TAG作为 终止密码子．22个 tRNA基 因的二级结构 中，除 了tRNA(AGN)外，其余 21个都可以折叠成典 型的三叶草结构 ，tRNA (AGN)缺失了DHU臂 ，在相应位置上只形成一个环．预测 了rRNA 的 二级结构，其中12SrRNA包含 43个茎环结构 ，16SrRNA 包含 6个结构域 ，53个茎环结构．控制 区包含 1个终止相关序 列 TAS1、3个 中央保 守序 列 (CSB—F、CSB—D、CSB—E)、2个保 守序 列 区 (CSB-2、CSB-3)． 关键词 ：红尾副鳅 ；线粒体基 因组 ；tRNA二级结构 ；控制 区 中图分类号：Q951 文献标志码 ：A Sequencingandanalysisofthecompletemitochondrial genomeofParacobitisvariegatus SHIYanru ，XING Lianxi。，CHEN Tao。，YANG Min ，YOU Ping (1CollegeofLifeScience，ShaanxiNormalUniversity，Xian710119，Shaanxi，China； 2CollegeofLifeScience。NorthwestUniversity，Xian710069，Shaanxi，China； 3DepartmentofAssetManagement。GuilinUniversityofTechnology，Guilin541004，Guangxi，China) Abstract：Thecompletemitochondrialgenome(mitogenome)sequenceOfParacobitisvariegatus (Dabry de Thiersant，1874) wassequenced using the strategy ofsub—PCR after long～PCR amplification and annotated．Theresults showed thatthe entiremitochondrialgenomeofP． variegatusis16571bDlongwithA+T content55．6 ％．Themitochondrialgenomeorganization ofP．variegatusisthesamewiththatinbonyfish，whichcontains37genesand1controlregion (namedD-loop)．Thegenomicstr