基因组学和后基因组学.docVIP

基因组学与后基因组学 第一节 基因组及基因组学（Genome and Genomics） 概念 Genome＝Gene + Chromesome 一个配子中染色体遗传物质的总和； 细菌或噬菌体：单个染色体所含的全部DNA分子或遗传信息 二倍体生物：维持配子或配字体正常功能的最基本的一套染色体DNA 及其遗传信息。 C值矛盾—— C值：基因组的大小通常以一个基因组中的DNA含量来表示，成为生物体的C值（C Value） 基因组 1%编码蛋白，99％垃圾序列 非结构基因的DNA序列的结构与功能？ C值矛盾匝生物学功能和进化中的意义？ 基因组学研究的发展 基因组学（genomics) 转录组学（transcriptomics) 蛋白质组学（proteomics) 表型组学（phenomics) 第二节 基因组的序列组织 #基因组的复杂性 C值矛盾的解释：基因数量是否随着C值的增加而增加——复性动力学——C值的差异主要反映了重复序列DNA含量的差异 #基因的结构 内含子/外显子 同一个基因能产生不止一个蛋白分子 真核生物DNA的分类 单一序列(unique sequence) 又称非重复序列，在一个基因组中只有一个或几个拷贝DNA的序列。 重复序列(repetitive sequence) 重复序列的特点: ①中度重复序列 短分散重复序列（short interspersed repeated sequence，SINES） Alu家族（ Alu family） 长分散重复序列（long interspersed repeated sequence，LINES） ②高度重复序列 卫星DNA由重复单位长度为2-200bp 的重复序列组成。 Ⅰ 卫星DNA:由长的串联重复序列组成。 Ⅱ 小卫星DNA（minisatellite）：以6-25个核苷酸为核心序列的串联重复序列。 Ⅲ 微卫星DNA（microsatellite）：以2-6个核苷酸为核心序列的串联重复序列。 基因家族与基因簇 基因家族（gene family）是真核生物基因组中来源相同，结构相似，功能相关的一组基因。 成簇存在的基因家族——基因簇(gene cluster)是指基因家族的各成员紧密成簇排列成大段的串联重复单位，定位于染色体的特殊区域，它们是同一个祖先基因扩增的产物（MHC class I）。 Orphon—孤独基因 散布的基因家族 编码密切相关的蛋白，但成员的序列并不相同，且散在分布于不同的染色体上。如血红蛋白基因家族。两个成员具有共同的起源。 假基因（pseudogene) 存在于基因家族中；结构与功能基因具有同源性；无转录产物或转录产物失活；由突变产生 Alu家族 是人类基因组中十分典型的散布基因家族 特点：成员众多，平均6kb一个；300bp，以Alu I特征识别序列AGCT分为两个片段，170bp/130bp； 非串联重复；具转录活性，可能与转录调控、hnRNA加工以及DNA复制有关；具转座子结构特征 卫星DNA的应用 DNA fingerprinting (小卫星）Jeffreys等(1985)用人的肌红蛋自基因第一个内含子中的重复序列(重复单位长33bp)作探针，从人的基因文库中筛选出数个重复序列DNA，每个重复序列都是由许多碱基组成相似或相同的基本序列串联重复构成。由一种重复单位头尾相连构成的序列称为小卫星DNA (minisatellite DNA)，重复单位长约10-60bp。同一小卫星位点上重复单位的重复次数变化，使之在群体中表现出高度多态性。 akamura等(1987)称小卫星DNA为VNTR(Variable number of tandem repeat)，并使这一概念沿用至今。 小卫星DNA中每一重复单位均含有一个相似或相同的核心序列（core sequence），长约l0-l5bp，并且在同一物种不同小卫星位点之间和不同物种的小卫星位点之间表现高度保守性。迄今为止的许多研究业已证实，小卫星DNA在染色体上的随机性因物种而异，因不同的小卫星家族而异。 用克隆的小卫星DNA做探针，可以与同一物种或不同物种基因组中多个位点的小卫星DNA杂交，获得具有个体专一性的限制性片段杂交谱带图，即DNA指纹图（DNA fingerprinting)。 DNA指纹图具有高度变异性，个体专一性，组织稳定性，因此成为了一种较为广泛应用的遗传标记 6.3 人类基因组计划 *耗时10载，耗费20余亿美圆；* 基因组大小30亿碱基；* 1%为外显子，99%为内含子和重复序列；* 表达蛋白质的基因组数量约为3万；* 约含100万个SNP标记。 序列测定方法 全基因组鸟枪法：在一定作图信息基础