面向生物信息学计算网格工作流系统.pdfVIP

第34卷 　增刊 Ⅰ 华 　中　科 　技 　大 　学 　学 　报 ( 自然科学版) Vol . 34 Sup . Ⅰ 2006 年 　9 月 　 J . Huazhong U niv . of Sci . Tech . (Nat ure Science Edition) 　Sep . 　2006 面向生物信息学计算的网格工作流系统 郭 　昂　武永卫 　田金兰 　杨广文 (清华大学 计算机系 , 北京 100084) 摘要 : 针对生物信息学网格计算需求 ,提出了一种网格工作流管理系统模型 ,系统以 Web 方式为用户提供服 务 ,通过与软件模块的交互实现良好的可定制的人机交互界面 ,使得不熟悉网格计算和工作流系统的人也可 以快捷直观地操作使用. 该系统能够 自动地对工作流任务进行调度 ,然后通过网格中间件进行执行 ,并对任务 进行监控和管理. 论述了该系统的框架和实现原理 ,通过一个生物信息学计算实例说明工作流的定义 、描述和 使用流程 ;并且 ,通过与中国教育科研网格公共支撑平台 C GSP 工作流系统的对比 ,说明了该系统在可视化 、 便捷性上更符合生物信息学计算需求的特点. 关 　键 　词 : 工作流 ; 网格计算 ; 生物信息学 ; 中国教育科研网格 中图分类号 : TP393 . 02 　　文献标识码 : A 　　文章编号 : 167 145 12 (2006) S10 13004 A grid workflow system f or bioinf ormatics computing Guo A ng 　W u Yong w ei 　T i an J i nl an 　Yang Guang w en (Dep art ment of Comp ut er Science and Technolo g , Tsinghua U niver sit y , Beij ing 100084 , China) Abstract : A wor kflow management sy st em of bioinfor matic s grid co mp utin g wa s p rop o sed , w hich uti lize s t he web met ho d to serve u ser s and realize s an edit able int erface via int eraction wit h soft ware mo dule , so t hat one can do wor kflow p roj ect s convenient ly wit hout knowing much about grid co mp u ting and wor kflow sy st em . Thi s sy st em can al so auto matically schedule p roj ect s an d execut e t hem via grid middleware . It can monitor and manage p roj ect s a s well . The f ramewor k an d t he mo dule of t he sy st em wa s int ro duced , t hen t he wor kflow definition , de scrip tion and u sage by a bioinfor matics co m p utin g examp le wa s exp lained . The sy st em wa s co mp ared to t he C GSP wor kflow sy st em and showed t hat t hi s sy st em i s more favorable for bioinfor matics