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第 28卷第 3期 生 态 学 报 Vol. 28, No. 3
2008年 3月 ACTA ECOLOGICA SINICA Mar. , 2008
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, ,
(南京大学生物系, 南京 210093)
:物种的大部分性状与其系统进化过程相联系, 亲缘关系近的物种, 其性状差异通常较小。因此在种间或更高分类单元层
次研究性状之间的关系, 或性状与环境间关系时需要考虑系统进化的影响, 以满足常规统计分析对于样本独立性的要求。自
20世纪 80年代以来国际上已经陆续推出一系列的系统比较方法, 其共同原理是:在推断物种间系统关系的基础上, 在种间水
平上比较, 将原本不符合样本独立性的物种性状或环境变量数据, 将其转化为适用于常规统计分析方法的彼此独立的数据, 然
后运用常规统计方法分析, 得到排除了系统进化历史影响的物种性状间或者物种性状与环境变量间的关系。首先简单介绍了
运用系统比较方法之前的建立系统关系和数据诊断这两个步骤, 在此基础上阐述简单独立对比分析、Felsenstein 的独立比较方
法和自回归方法这 3种常用的系统比较方法的基本原理、各自的特点以及它们在生态学、进化生物学等领域的应用。系统比较
方法已经获得广泛的应用和认可, 发现了应用常规统计分析所没有能发现的问题和规律, 但在构建准确反映系统进化过程的系
统关系、进化模型的选择等方面仍具有一定的局限性;而生物信息学、生物系统学的发展, 以及各种相关软件的开发为系统比较
方法的进一步完善发展和更为广泛的应用创造了条件。
:系统进化; 系统比较方法;统计分析;独立比较方法; 自回归
: 100020933(2008) 032 12472 10 : Q143 : A
Pr incip les and app lication s of phylogenetic comparative m ethods: an overview
*
JIN Dong2Me,i LIYan, SUN Shu2Cun
Department of Biology, Nanjing University, Nanjing 210093, China
Acta E cologica Sin ica, 2008, 28( ) : 1247~ 1256.
Abstract: It iswidely accepted that evolutionary related species tend to resemb le each other; therefore the traits of related
species are not statistically independent. Phylogenetic comparative methods ( PCMs), which incorporate phylogenetic
information into statistical analysis, have been recommended in cross2taxonom ic comparisons since 1980s. In PCMs, the
prelmi inary step is to transform the raw trait data, which are usually statistically dependent, into standardized data, wh ich
are independent of the phylogeny. A fter this transformation, traditional statisticalmeth
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