重叠群物理图谱的构建和其应用.pdfVIP

基因组学与应用生物学，2009 年，第28卷，第1 期，第195-201 页 Genomics and Applied Biology, 2009, Vol.28, No.1, 195-201 专题介绍 Review 重叠群物理图谱的构建及其应用 1,2 1* 汤飞宇 张天真 1 南京农业大学棉花研究所, 作物遗传与种质创新国家重点实验室, 南京, 210095; 2 江西农业大学农学院, 南昌, 330045 * 通讯作者, cotton@ 摘 要 人类对各种生物的基因组结构和功能的研究都需要确定DNA 序列在染色体上的位置。与遗传图相 比，物理图反映了基因或DNA 标记之间在染色体上的真实距离。依其作图方法分为三类，即限制性酶切图谱、 重叠群图谱和DNA 序列图谱。重叠群物理图是将获得的大片段克隆，如YAC、BAC 克隆，依其在染色体上的 真实顺序排列而成，主要应用于基因组测序、重要基因的图位克隆、靶分子标记开发及比较基因组学研究等， 特别是为那些由于缺乏合适的作图群体而不能建立遗传图的物种提供了一个重要的从事基因组学研究的平 台。本文综述了近年来重叠群物理图构建研究的主要进展，比较分析了不同重叠群物理图谱构建方法的特点， 提出了改进物理作图质量的建议，认为应根据基因组不同区域的特点，综合特异性探针的杂交、PCR 筛选、酶 切指纹分析、BAC 克隆STC 延伸、BAC 末端测序等多种方法才能完成重叠群的构建。此外，物理图的构建还 应努力整合各种基因组的资源和数据，如遗传连锁图、分子细胞遗传图、DNA 序列图、EST 数据等，这将有助 于提高其在基因组学研究中的使用价值及应用范围。文章最后对重叠群物理图的发展趋势进行了展望。 关键词 物理图谱, 基因组, 重叠群 Construction and Application of Large-insert Clones-based Physical Map Tang Feiyu 1,2 Zhang Tianzhen 1* 1 Institute of Cotton Research, Nanjing Agricultural University, National Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Nanjing, 210095; 2 College of Agronomy, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, 330045 * Corresponding author, cotton@ Abstract The locations of DNA sequences in chromosomes need to be identified for the study of genome struc- ture and function. Compare to genetic maps, physical maps reflect the real distance among genes/DNA markers in chromosomes, which are classified into three types according to mapping methods, i.e. restriction endonuclease map, contig map, and DNA sequence map. A contig is a chromosome map showing the locations of those regions of a chromosome where contiguous large-insert clones overlap. It is essential for genome sequencing, position cloning of agronomically important genes, comparative genome analysis, target DNA marker development etc., and provides an important genomics research platform even for those species for which development of genetic maps is impossible owing to the absence of appropriate