细胞凋亡信号转导通路的动力学模拟.pdfVIP

ChineseJournalofPathophysiology 2009，25(6)：1244—1248 [文章编号】 1000—4718(2009)06—1244—05 细胞凋亡信号转导通路的动力学模拟 刘顺会 ， 陶嫦立 ， 罗珠河 ， 黄树林 (广东药学院 生命科学与生物制药学院，生物制药研究所 ，广东 广州510006) [摘 要] 目的：建立细胞凋亡信号转导途径的动力学模型，通过模型仿真揭示细胞凋亡途径各分子间的动 态调控过程，简要分析模型的动力学特性。方法：根据数据库KEGG及相关中英文文献，提取细胞凋亡各条通路及 抗细胞凋亡相关分子作用的方式及数量关系，利用 Matlab7．0的Simulink工具箱构建信号途径的动力学模型并仿 真。结果：模型仿真结果与文献符合得较好，能够从数量上反映细胞凋亡信号途径中各分子间复杂的调控关系，并 能通过模型仿真发现和验证该信号途径中一些关键节点分子。结论：本模型基本反映了细胞凋亡信号途径的动 力学特征，可以作为后续的精确定量关系研究的理论基础。 [关键词] 细胞凋亡；信号转导；模型，动力学 [KEYWORDS] Apoptosis；Signaltransduction；Models，dynamic [中图分类号】 R363 [文献标识码】 A 生物学、数学与计算方法的结合已经成为当前生物学的 材 料 和 方 法 新前沿，其任务要求对原因和结果的考虑超越线性因果链的 传统思路 ，即从系统、网络和非线性模型来思考问题。近3O 1 细胞凋亡信号转导途径 年来，人们 已发展 出相应 的数学方法，称为正则建模 细胞凋亡信号转导途径 (图 1)引 自KEGG数据库 (canonicalmodeling)。正则建模的特点在于：可以用最少量 (http：／／www．genome．j0／kegs／)。本文根据相关中英文文献， 的系统信息构建，却能够抓住系统非线性的特质，而且无论 对图中涉及的信号转导相关分子之间的作用方式及数量关 系统大小其模型总是具有相同的结构，其设计过程和求值方 系进行了详细研究和确证 ，并据此定义整个信号转导途径的 法遵循少数能广泛应用的原理，因而可以建立非常高效的算 变量(包括 自变量和因变量)和变量之间的关系。 法。本文采用的S一系统 (synergismsystem)方程即是典型的 2 动力学建模 正则模型。正则S一系统已成功应用于包括生化代谢途径 、 本文采用 S一系统方程 (S—systemequations)…来描述 基因调控和信号转导网络等非线性复杂系统的定量研究。 信号转导的生化级联反应过程。对于含有 1／．个因变量置 ， 实践表明，通过S一系统方程建立各种分子生化网络的数学 ，… ， (其数量随时间而变化)和m个 自变量 以+。， +：。 模型并进行计算机仿真能够拟合现有的实验数据，解释实验 … ， + (一般设定为某些不变常量)的生化级联反应系统， 中观测到的现象，预测一些不能通过当前实验手段获得的结 其动力学时变方程可以表达为： 果，减少实验的强度和数量，并验证实验提出的可能机制--。 dX．／dt= 一 — =1，2，…，n (1) 本文利用正则S一系统方程建立了细胞凋亡信号转导途 式中 ．的生产函数 = ( ，…， ，以+ 一。 +)和 径的动力学模型。细胞凋亡(cellapoptosis)是机体在生长、 消耗函数 一= 一(置 ，…， ，以+ 一，以+)是所有变量的 发育和受外界刺激时，清除多余、衰老和受损伤的细胞以保 函数 ，式 (1)用S一系统方程可表达为： 持机体内环境平衡的一种 自我调节机制。细胞凋亡发生过程 的启动和进行受到精确调控，具有独特而复杂的信号系统。目 dX／dt=i1-I吖一卢。兀 i=12一，，I(2) 前已经确定的细胞凋亡信号转导途径主要有3条：死亡受体通 式中 ．和屈(a． 0)分别表示生产函数和