提高富含GC碱基DNA模板PCR扩增效率的方法.pdfVIP

南京农业大学学报　1999, 22 (3) : 112～ 114 　 J ou rna l of N anj ing A g r icu ltu ra l U n iv ers ity 提高富含 GC 碱基D NA 模板 PCR 扩增效率的方法 1 2 邢小黑 　姜卫红 (1 南京农业大学资源与环境科学学院, 南京 2 10095) 2 中国科学院上海植物生理研究所, 上海 200032) M ethod of im prov in g of polym era se cha in react ion ef f ic ien cy f or h igh G an d C D NA tem p la te 1 2 X in g X iaoh ei an d J ian g W eihon g (1 Co llege o f N atu ra l R e sou rce s an d Env ironm en t Scien ce s, N anj in g A g r ic U n iv , N anj in g 2 10095; 2 In st itu te o f Sh an gh a i P lan t Phy sio lo gy , Sh an gh a i 200032) 　　地中海拟无枝菌酸菌U 32 是一株高产力复霉素的放线菌, 其中的p K p 基因是U 32 次生代谢的重要 调控信号分子, 属蛋白激酶类。研究该基因的结构功能对阐明 32 的次生代谢机制具有重要意义。为了 U 首先使该基因在BL 2 1 中得到表达, 利用PCR 方法从克隆有该基因的p CZ8 质粒中扩增出p K p 基因。由 于p K p 基因的碱基组成富含 GC , 因而 PCR 难度大。本研究通过改善反应体系和扩增条件, 获得了大量 特异性的PCR 产物。 1　材料和方法 11　材料 质粒抽提试剂盒购 自 公司, T aq 、 购 自 公司, 引物由 公司合 W h atm an p lu s dN T P San gon T ak aR a 成, PCR 扩增仪为 Ph arm acia 产品。 12　方法 质粒提取根据试剂盒p ro to co l 进行, 引物根据p r im er de sign 软件包设计, PCR 条件在实验中优化, 扩增产物电泳后经数字扫描保存。 2　结果与分析 2 1　PCR 模板及引物设计分析 根据 P c gen e 软件分析, p K p 基因的GC 含量可达 63% , 这是因为U 32 中密码子在第 3 位均偏好 CG , 引物序列如下: 1: 5 ′ 3 ′ p r im er z CCGGA A T T CGA CCCGCGT T CGGT CGCGA 3: 5 ′ 3 ′ p r im er z GA CT CA