雷蒙德氏棉Argonaute基因家族的生物信息学预测与分析.pdfVIP

I——————棉花学报Co~onScience2041 ． 26(5)：411-419 雷蒙德氏棉Argonaute基因家族的生物信息学预测与分析 刘国元，吴嫂，于霁雯，裴文锋，喻树迅 (中国农业科学院棉花研究所 ／棉花生物学国家重点实验室，河南 安阳455000) 摘要 ：Argonaute(AG0)蛋 白是参与小RNA调控通路的重要元件，在生命体的生长发育过程中发挥着重要作 用。本研究利用AGO蛋 白的保守域在雷蒙德 氏棉基因组中进行同源比对，鉴定出 15个成员，并对其进行进化 关系、染色体定位 、基因结构 、保守域、时空表达模式等分析。结果表明：该家族成 员基 因长度从3335到9086 bp不等，其中11个基因被定位到 7条染色体上；该家族成员可分为3个亚族，包含 5个小组，各亚族 内、小组 间成员也存在很高的保守性：发现每个基因都有不同的时空表达模式，且各小组内成员之间存在协同和互补2 种表达模式，找到在花器官特异表达的基因1个，胚珠中特异表达的基因3个。本文首次对棉花中AGO基因 家族进行了鉴定和生物信息学分析．为进一步研究AGO基因家族在棉花中的功能奠定了基础。 关键词：雷蒙德氏棉；AGO基因家族；基因结构；表达模式 中图分类号：$562．035-3 文献标志码：A 文章编号：1002—7807(2014)05—0411—09 Genome-wideIdentificationofArgonauteGeneFamilyinGossypium mirnondiiUsing BioinformaticAnalysis LiuGuoyuan，W uMan，YuJiwen，PeiW enfeng，YuShuxun (InstituteofCottonResearchofChineseAcademyofAgriculmreScience#StateKeyLaboratoryofCogonBiolog)；Anyang, Henan455000，Chhm) Abstract：Argonaute(AGO)proteinsplayaveryimportantroleinsmallRNA—regulatedpathwaysrelatedtogrowthanddevelop。 ment，defenseagainstvirus，histogenesis，cellproliferation，andapoptosis．W eidentified 15 AGO family membersin the Gossypiumraimondii(G．raimondiOgenome，andusedanalysesofphylogeneties，genestructure，domains，andmotifstoshow thatthisfamilyishighlyconserved．TheAGOgenefamilymembersvariedfrom 3335to9086bpinlength，and11geneswere locatedinsevenchromosomes．Thefamilycanbedividedintothreegroups．Eachgenehasaspecificexpressionpattem indif- ferenttissues，withonegeneexpressedinflower，threegenesinovule．Thisidentificationandbioinformaticsanalysislaysthe foundationsforthefuturestudyofAGOgenefamilyinG．raimondii． Keywords：G．raimondii；AGOgenefamily；genestrucutre；expressionpattem Argonaute(AGO)蛋白是RNA诱导的沉默复 的抑制以及在转录或转录后水平上控制转座元 合体 (RNA—inducedsilenc