蛋白质翻译修饰位点预测及其功能分析.pdfVIP

摘要 摘要 蛋白质翻译后修饰(PTMs)对细胞的调控机制起着重要的作用，它能影响蛋白的 多种属性，包括蛋白质折叠，活性以及最终的功能。因此深入研究PTMs对于理解人类 疾病发病机制具有重要作用。在过去十年，随着蛋白质组学技术的迅猛发展，产生了大 量的蛋白质序列数据，这大大促进了研究者对于PTMs的深入研究。虽然高通量的实验 技术在PTMs识别和分析上取得了很大的成就，但是实验技术往往费时费财，且产出较 低。因此有必要发展高效、可靠的理论计算方法学习PTMs。本文从蛋白质序列出发， 结合多种特征提取方式，并采用机器学习方法和进化保守方法对PTMs功能以及PTMs 与疾病的关系进行了预测研究，主要工作总结如下： 1．构建了位置特异性的赖氨酸乙酰化位点预测模型。通过对乙酰化和非乙酰化序列 的信息增益分析，选出了对乙酰化发生有影响的关键氨基酸位置，并构成新的片段。结 合氨基酸组成，进化相似性以及氨基酸物化性质三个方面提取新片段的特征值，并输入 支持向量机(SVM)进行训练和预测。在正负样本平衡数据集条件下，通过lO倍交叉 验证，得到的预测准确率达到79．84％，马氏相关系数为59．72％。特征分析表明以上三 种特征提取方式对乙酰化位点的识别都有促进作用。位置特异性分析显示提取出来的关 键氨基酸位置对于提高乙酰化位点预测模型的性能具有重要推动作用。通过结合Matlab 和 技术构建了在线预测平台， 服务网址为： Asp．net http：／／bioinfo．ncu．edu．cn／inquiries_PSKAcePred．aspx。 2．分析了人类蛋白质组范围内氨基酸变异对乙酰化的影响。首先基于序列进化信息 和氨基酸物理化学属性构建了仅仅预测人类蛋白乙酰化位点的预测模型KAcePred，随 后运用该预测模型对发生变异与未发生变异的蛋白质进行一一预测，并定义AcetylAAVs 为与乙酰化相关的氨基酸变异。通过对比分析同一条蛋白上氨基酸变异前后乙酰化的发 并且通过统计分析得到直接产生新的赖氨酸乙酰化位点的氨基酸变异更有可能诱发相 关疾病。其在线服务网址为：http：／／bioinfo．ncu．edu．cn／AcetylAAVsHome．aspx。 3．采用激酶特异性磷酸化位点预测方法系统分析了疾病相关磷酸化底物。首先基于 磷酸化序列集富集分析(PSEA)方法构建了激酶特异性磷酸化位点预测模型，并通过 独立测试证明了我们构建的方法在磷酸化位点预测上具有高效性。随后，运用该预测模 型将收集到的所有与疾病相关的磷酸化底物进行一一预测，以得到对应的激酶信息。通 过一系列的统计分析，最终发现促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)家族和糖原合成酶激 酶(GSK)家族更倾向于催化异常磷酸化的发生，进而引发相关的疾病。这对于研究蛋 摘要 白激酶抑制物，治疗相关疾病具有重要指导意义。最后通过C存技术并结合Asp．net技术 关键词：蛋白质翻译后修饰；乙酰化：信息增益；氨基酸变异；磷酸化；激酶；疾病； 支持向量机；进化保守性；序列集富集分析 II ABSTRACT ABSTRACT Post-translational incellularcontrolmechanism． modifications(PTMs)areimportant affect as andtheirfunctions．Sothe T11ey manyproteinproperties，suchfolding，activity further ofPTMsan rolein variousdiseaseconditions． developmentplaykey understanding Withthe of field thelast hasledtothe