不同倍性鱼线粒全基因组及肝脏转录组中线粒体相关基因分析.pdf

摘 要 杂交和多倍化是基因组进化的重要驱动力，是物种多样化和产生 新物种的重要途径。人工多倍体鱼的研究不仅在水产育种上具有重要 的研究价值，在生物学基础理论研究方面也具有重要的意义，对不同 倍性鱼的分子生物学研究可以帮助理解进化中物种发生多倍化或基因 组复制的遗传机理以及物种在多倍化发生早期的分子遗传状况，同时 由于杂交多倍体鱼含有不同的基因组，使其成为很好的研究线粒体母 性遗传和核质互作的模型。线粒体是真核生物的能量工厂，具有自己 DNA，mtDNA)，其正常功 的遗传系统一线粒体基因组(mitochondrial 能的运行需要线粒体基因组和核基因组的协同作用。线粒体DNA具有 小型性、自主性和多态性等特点。对线粒体DNA的研究除了能揭示线 粒体DNA的结构、基因表达及其功能外，还在核质互作、分子进化规 律、物种起源与分化等方面具有重要的意义。本文应用多种分子生物 学技术，结合相关的生物信息学知识对不同倍性鲫鲂的线粒体基因组 和四倍体鲫鲤及其亲本肝脏转录组中的线粒体相关核基因进行了较系 统的探讨和研究，并对两种鲤科鱼类翘嘴鱼自和黄尾鲴的线粒体DNA全 序列进行了系统分析。本论文的主要研究内容如下： 1．对天然雌核发育红鲫、三倍体鲫鲂和四倍体鲫鲂的线粒体基因 组全序列进行了测序，研究充分利用各种生物信息学软件，系统详细 的阐明了这些不同倍性杂交鱼线粒体DNA的分子结构、碱基组成、基 因组成和排列等特点。天然雌核发育红鲫、三倍体鲫鲂和四倍体鲫鲂 线粒体基因组序列全长均为16580bp，与母本红鲫的线粒体基因组序列 长度一致。通过与亲本红鲫和团头鲂线粒体基因组全序列的比较，我 们发现无论是在线粒体基因组的结构还是全序列的同源性比较上，三 种鲫鲂不同倍性杂交鱼的线粒体全基因组均与母本红鲫更相似，研究 表明尽管经历了杂交和多倍化，不同倍性鱼的线粒体DNA仍然遵循母 性遗传规律。同时结果也说明在线粒体基因组水平不能体现出不同倍 性杂交鱼与父本团头鲂具有亲缘关系，这一点提示我们在利用线粒体 基因组对鱼类特别是杂交鱼类进行系统关系研究时应该注意其有效 性。 2．以四倍体鲫鲂为母本以团头鲂为父本进行了四倍体鲫鲂的回交 实验，在检测的三尾回交子代中有两尾三倍体鲫鲂和一尾五倍体鲫鲂。 采用一对引物我们克隆了回交子代及母本四倍体鲫鲂的线粒体ND2基 因，通过全序列比对和同源性分析，我们发现线粒体基因组的母性遗 传方式在鲫鲂回交中仍然具有很强的稳定性，同时分别在一尾三倍体 鲫鲂和五倍体鲫鲂中各发现两个A—G碱基替换，与其他16种鲤科鱼 类相应位点的比较中我们发现这是两个容易发生碱基变异的位点，并 且变异的形式多为A和G之间的替换。该研究进一步证实了雌性四倍 体鲫鲂可以产生两种倍性的卵子，同时说明在杂交鱼线粒体DNA中不 会发生大规模的变异，但是受杂交和多倍化的影响可能会在容易发生 变异的位点发生少量的碱基变异。 3．异源四倍体鲫鲤在线粒体DNA的遗传上遵循严格的母性遗传 规律。本研究在四倍体鲫鲤及其亲本红鲫和鲤鱼的肝脏转录组数据库 呼吸链的四个蛋白复合物相关。将红鲫和鲤鱼的线粒体呼吸链蛋白相 关基因建立数据库，在数据库中搜索四倍体鲫鲤的线粒体呼吸链蛋白 相关基因，寻找与四倍体鲫鲤每个基因最匹配的亲本基因。结果表明， 在搜索的最佳匹配基因中即有红鲫的基因又有鲤鱼的基因，说明两个 亲本的核基因组都参与了线粒体复合物蛋白的合成，并根据所搜索到 的各亲本基因的数目，初步判定红鲫基因组和鲤鱼基因组线粒体呼吸 链相关核基因在四倍体鲫鲤中的表达没有明显的偏好性。采用相同的 方法分析其他16种线粒体相关的蛋白和酶基因得到了相似的结果。以 上分析表明红鲫线粒体基因组、红鲫核基因组和鲤鱼核基因组三个基 因组都参与了线粒体功能的运作。同时，我们发现在筛选的所有四倍 体鲫鲤的线粒体相关基因中与亲本红鲫和鲤鱼的线粒体相关核基因以 及三种鱼与斑马鱼的线粒体相关核基因大部分并不是一对一的关系， 基因树和氨基酸比对分析揭示这些基因很多都是多拷贝基因。此外， 对lO个基因的核苷酸分歧率分析和8个基因编码区的氨基酸序列同源 性分析表明线粒体呼吸链相关核基因在红鲫、鲤鱼和斑马鱼之间都具 有较高的同源性，说明和能量代谢相关的基因在鱼类中比较保守，这 些基因的保守性可能是四倍体鲫鲤各基因组之间可以正常协调并相互 适应的一个重要原因，从而确保其正常的生长发育，并能够稳定地繁 殖后代。对