四倍体鲫鲤及其关父母本Hox基因的进化研究.pdfVIP

摘 要 胁基因是一类对生物个体发育有十分重要作用的转录因子基 因家族，一般成簇的排列在染色体上的，且胁基因在表达时遵循 时空共线性。更为重要的是，胁基因高度保守，是脊椎动物进化过 程中发生过两轮复制的重要分子证据，而本实验室在世界上首次培 育成功的两性可育并可连续传代的四倍体鲫鲤新种群，为基因组加 倍后基因组的进化研究提供了宝贵的实验材料。本文主要以四倍体 鲫鲤(4nAT)及其相关父母本为材料，对胁基因同源框序列以及 胁锄基因在基因组加倍后的分子遗传与进化关系进行研究，初步 揭示四倍体鲫鲤这一自然界特殊种群的分子进化规律，为脊椎动物 包括鱼类在进化过程中的基因组加倍提供资料和证据。本论文的主 要研究结果如下： 1．以四倍体鲫鲤及其相关亲本的基因组DNA为模板，使用两对 特异兼并引物对胁基因保守的同源框区域进行扩增，回收扩增片 段，并对四倍体鲫鲤中152个克隆，红鲫中88个，鲤鱼中83个克 隆进行测序，片段长度为108bp或159bp。在四倍体鲫鲤、红鲫和鲤 鱼中分别筛选到了23个、22个、19个胁基因家族的基因，在四 倍体鲫鲤及其相关父母本中总共筛选到了29个特异的胁基因。这 些胁基因片段的获得为研究胁基因簇的结构提供了数据支持， 并为在BAC文库中检测胁基因簇打下了基础。 2．克隆片段中，扬剃弱，肋别国，胁互a如这三个基因在四倍 体鲫鲤及其相关亲本中测得数目为149个，占所有测得的胁基因 片段克隆总数目的46．1％。肋剃如、肋剃国、胁口沈这三个基因在 红鲫和鲤鱼的基因组中，均具有两种亚型，且红鲫中胁州勘基因的 一个亚型和肋z口仍的一个亚型与鲤鱼的相同。肋剃国在四倍体鲫 鲤中检测到了四种亚型，其中有两个亚型与红鲫相同，另两个亚型 与鲤鱼一致。肋剃如、胁a沈这两个基因在四倍体鲫鲤中都测得了 三个亚型，其中一个亚型是红鲫和鲤鱼共有的，另外两个亚型分别 与红鲫和鲤鱼一致。四倍体鲫鲤中胁剃沈，肋剃彪，胁口沈这三 个基因所有亚型都来自其相关亲本，红鲫和鲤鱼。 3．基于四倍体鲫鲤中42个、红鲫中29个和鲤鱼24个胁基 因片段的克隆序列，利用MEGA5．0软件构建进化树。在进化树上， 来自四倍体鲫鲤、红鲫和鲤鱼同一个旁系同源组的胁基因聚在一 个大支。在这个进化树上，四倍体鲫鲤的36个胁基因序列最先与 其相关亲本红鲫或者鲤鱼聚为一支，然后再与四倍体鲫鲤中该基因 的其他亚型聚为一支，四倍体鲫鲤的遗传物质来自红鲫与鲤鱼。 4．四倍体鲫鲤的152个胁基因序列中，肪剃』∞的一个基因 序列缺失两个碱基，而肋托13a的一个基因序列有两个碱基的插入。 红鲫的88个胁基因序列中，励剃』，a的一个基因缺失一个碱基。 sh软件等软件分析判断，这三个基因序列已经假基因 使用Jellyfi 化。本研究以胁基因为对象，首次证明四倍体鲫鲤基因组中形成 了假基因，这可能与基因组加倍后需要减少冗余的基因的有关。 5．以四倍体鲫鲤及其相关亲本的基因组DNA为模板，使用一对 H bp，回收扩增 特异兼并引物扩增肋Ⅸ锄基因，片段长度约为1800 片段并克隆测序。分析比对四倍体鲫鲤及其相关亲本的胁锄基因 序列，结果表明胁锄的基因结构为外显子1一内含子一外显子2， 其内含子两端碱基符合“GT—AG”的规则。四倍体鲫鲤肋x锄基因 除了拥有来自红鲫和鲤鱼的亚型外，在四倍体鲫鲤掀C9a基因中 存在一种重组亚型，交换重组发生在内含子区域，其亚型前半部分 核苷酸序列与鲤鱼一致，后半部分核苷酸序列与红鲫一致，这个重 组基因表明四倍体鲫鲤在减数分裂时，染色体异源联会并发生了交 换重组。这种交换重组也为四倍体鲫鲤基因的变异和多样性提供了 遗传基础，为加快物种对环境的适应能力和生物进化的进程提供了 原始资料。 关键词：胁基因，异源四倍体鲫鲤，基因组复制，进化 III ABSTRACT The三五9％ a of f．actorsand fiLm订y transcription